Yukei Yamada

ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

2022年。天才プログラマー・茅場晶彦が開発した世界初のフルダイブ専用デバイス《ナーヴギア》。その革新的マシンはVR（仮想現実）世界に無限の可能性をもたらした。それから4年、《ナーヴギア》の後継VRマシン《アミュスフィア》に対抗するように、一つの次世代ウェアラブル・マルチデバイス《オーグマー》が発売された。フルダイブ機能を排除した代わりに、AR（拡張現実）機能を最大限に広げた《オーグマー》は覚醒状態で使用することが出来る安全性と利便性から瞬く間にユーザーへ広がっていった。その爆発的な広がりを牽引したのは、「オーディナル・スケール（OS）」と呼ばれる《オーグマー》専用ARMMO RPGだった。

見滝原町に暮らす中学生のまどかは魔法少女。親友のさやか、先輩のマミ、隣町から転校してきた杏子とともに、人の悪夢が具現化した怪物・ナイトメアと戦い続けていた。そんなある日、まどかのクラスにほむらという転校生がやって来る。彼女もまた新たな魔法少女だった。5人となった魔法少女たちは、激しい戦いの一方で仲間との絆に充実した日々を送る。だがやがて、ほむらはあまりに理想的なこの世界に強い違和感を覚え始める。

シュタインズゲートに到達してから1年後、まゆりも紅莉栖も死なない世界で、岡部は別の世界線では敵だった天王寺や萌郁とも良好な関係を築き、平穏ながらも幸せな日々を満喫していた。そんな中、アメリカの研究所にいた紅莉栖が、仕事を理由に1年ぶり秋葉原へと帰って来る。久しぶりの再会に喜びを分かち合う中、岡部は激しい頭痛に襲われ、次々に脳裏に浮かぶ別の世界線での記憶によって頭をかき乱される。 岡部は、過去の数限りない歴史改変とリーディングシュタイナー発動の代償として、R世界線にとばされることになる。時間跳躍のもたらす苦悩を知り抜いていた岡部は、過去改変を厳しく禁じていた。しかし、ダルやまゆりですら岡部の存在を忘れ、さらに紅莉栖自身も彼の記憶が薄れてしまった世界線で、紅莉栖は「何かこの世界に足りないもの」を取り戻すために、タイムリープに挑む。