Delana Veirs

エイリアンによる地球侵略に人類が立ち向かい、およそ30億人もの命を失いながらも勝利を収めてから約20年が経過した。人類はさらなる襲来に備えようと、エイリアンが残した宇宙船の技術を転用した地球防衛システムを作り上げる。2016年7月、そんな人類を試すようにアメリカ全土を覆うほどの大きさを誇るエイリアンの宇宙船が出現。彼らは重力を自在に操る圧倒的な科学力で、ニューヨーク、ロンドン、パリといった都市を次々と襲撃する。猛攻撃は止むことなく続き、人類存続の要であった防衛システムも無力化してしまう。

多くの犠牲を払いながら巨大迷路を脱出したトーマスたちは、同じように別の迷路を生き延びた若者たちが収容された施設へと運ばれた。つかの間の休息を過ごすトーマスたちだが、やがて彼らはこの施設の恐るべき実態を知り、彼らを迷路に送り込んだ黒幕である組織WCKD（ウィケッド）の存在に気付く。危険を察知したトーマスたちは仲間とともに脱出、だが施設の外には、組織が“第2ステージ”と呼ぶ砂漠の迷宮が広がっていた。