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1960年代の東京・さくら元町。少年下町シンは新聞配達のアルバイトをしながら、唯一の肉親である病気の母を懸命に支えていた。しかし謎の妖怪が母に取り憑き、母は突然操られたように家を飛び出した末、車に轢かれて命を落としてしまう。自暴自棄に至ったシンは母の後を追おうと川に飛び込もうとした時、高城イツキに引き止められ「死んだって母さんには会えない」「最後まで投げるな」と諭す。イツキの姉も同じようにビルから飛び降り命を落とし、それは魂を奪う妖怪・玉藻前（タマモ）の仕業であるという真相に至った。
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東京サミットの会場を予定していたリゾート施設"エッジ・オブ・オーシャン"で大規模な爆発があった。現場を警備していた警察官が死傷したというニュースの中に、コナンは安室透の姿を見つける。一方、警視庁の捜査会議では現場の遺留品に小五郎の指紋があったことから、小五郎が容疑者として逮捕されてしまう。公安の捏造を疑うコナンは安室に問い詰めるが、安室の態度は冷たいもので……。安室透は敵なのか？ そして事件の真実とは？
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11年に一度の祭りを目前に、活気づく正十字学園町。その陰では祓魔師たちが総出で悪魔の討伐に奔走していた。燐は幽霊列車（ファントムトレイン）討伐の任に当たっていたが、その途中で古い祠を損壊させ、封印されていた悪魔を解放してしまう。責任を取るため、燐はその悪魔を「うさ麻呂」と名付け、自室に置いて監視することとなった。当初こそ衝突した燐とうさ麻呂だったが、生活を共にする中で徐々に打ち解け、いつしか兄弟のように親しくなっていく。
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The Raimon team has been invited by Fifth Sector strangely to a soccer camp. When they agree, things go out of hand since it was revealed that Fifth Sector wants to eliminate them once and for all in the island called God Eden. Now, the Raimon team needs to train harder, to be able to show that they have the strength to fight back and prove Fifth Sector's doings wrong.
