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前作で描かれた人類とKAIJUの死闘から数年が経過し、平穏が戻っていた地球。しかし進化を遂げたKAIJUが再び姿を現した事で、つかの間の平和は脆くも崩れ去る―。さらに、謎の黒いイェーガ―"オブシディアン・フューリー"の出現により、人類を守るはずのイェーガ―同士による激しい戦いも発生。果たして、スタイリッシュに洗礼されパワーアップした新世代のイェーガーに乗り込む若きパイロット達は、迫りくる危機を乗り越える事は出来るのか。
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アリゾナ州の砂漠に隕石が墜落。近くの大学で講義をしていた生物学者アイラと地質学者ハリーは、現場で採取した不思議な液体から地球上に存在しない構造を有したDNAを発見する。それは驚異的な速度で単細胞へと進化し増殖していった。再び墜落現場に赴た二人は、そこが奇妙な軟体生物と昆虫らしき生命体に覆われ、独自の環境を築きつつあるのを目撃する。
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チャックはフェデックスに勤めるシステム・エンジニア。ある日、彼の乗った飛行機が太平洋上で墜落。奇跡的に一命は取り留めたものの、彼が流れ着いた先は誰もいない無人島だった。