Mike Defeo

森の奥にある父親の家にやって来たメアリーは、偶然森の王国に住む小さな女王に出会い、自分までもが小さくなってしまう。自然豊かな王国を守るには、王位継承の日にある花のつぼみを開花させなければならない。ところが、森を滅ぼそうとする悪の勢力がそれを阻止しようとしていた。メアリーはひょんなことから森の運命を託される。

約２万年前の地球。温暖化の波が押し寄せ、氷河期（アイス・エイジ）は終わろうとしていた。マニー、シド、ディエゴをはじめ谷の動物たちはこのポカポカ陽気を満喫している。しかしある日、マニーたちは仲間から“このままだと５日後には大洪水が起こる”という不吉な情報を得る。そして実際に、水をせき止めて谷を守っていた氷壁が割れ始め、谷の動物たちは急いで水の少ない谷の反対側へと大移動を開始。だが、彼らはその道中でさまざまな障害に遭遇してしまう。

2万年前の地球。寒さを避けて南へと移動する動物たちとは反対に、孤独を愛するマンモスのマニーだけは北へ向かう。仲間に置いて行かれ、身の危険を感じたナマケモノのシドはマンモスといれば安心とマニーについていく。その頃、人間たちの小さな集落をサーベルタイガーのソト率いる一軍が襲っていた。赤ん坊のロシャンを抱いて必死で逃げる母ナディアだったが、川に転落、母子に気づいたシドにロシャンを託し、ナディアは命を落とす。無関心のマニーをよそに、シドはロシャンを人間のもとに届けると言い出すと、そこへソトの仲間ディエゴが近づいてきた。

前作の舞台、フューリー宇宙刑務所においてリプリーは、エイリアン・クイーンを体内に宿したまま溶鉱炉に身を投じ、永きに渡るエイリアンとの戦いに幕を下ろした。しかしそれから200年後、リプリーは軍の実験宇宙船「オーリガ」で、フューリーに残されていた血液から科学者らの手によりクローンとして再生される。その目的は、リプリーの体内に残されたエイリアン・クイーンの摘出であり、エイリアンを繁殖させて軍事兵器として利用することであった。