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人間やエルフ、ドワーフなどが共存する平和な世界アゼロス。だがある時、滅びゆく異世界ドラエナーを捨てたオーク族がアゼロスに侵攻を開始した。人間たちは強力な魔力を持つガーディアン、メディヴの力を借りて来るべき戦いに備える。そんな中、アゼロスの騎士ローサーは、人間とオークのハーフであるガローナと出会い、戦争を避けようと試みる。2人は同じくこの戦いに疑問を抱く高潔なオークの戦士デュロタンに接触する。
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西暦2154年。人類は惑星ポリフェマスの最大衛星パンドラに鉱物採掘基地を開いている。この星は熱帯雨林のような未開のジャングル覆われていて獰猛な動物と”ナヴィ”という先住種族が暮らしており、森の奥には地球のエネルギー問題解決の鍵となる希少鉱物の鉱床がある。この星の大気は人間に適さないので屋外活動にはマスクを着用する必要があり、ナヴィと意思疎通し交渉するために人間とナヴィの遺伝子を組み合わせて人間が作りあげた”アバター”が用いられた。
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人類が滅亡した後の地球で一体の人形「9」が目を覚ます。声が出ない彼は声をかけられた人形「2」と出会い、彼は喋れるようにしてくれた。しかし突然、機械怪獣・ビーストに襲われ「2」は連れ去られてしまう。一人ぼっちになったが次に出会ったのは、リーダーの「1」、女騎士の「7」などの仲間たち。9は2を助けようと仲間たちと共に旅に出る。