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うら若き女性であるスーザン・マーフィーは自らの結婚式当日、突如空から降って来た隕石と接触したことで、身長15m21cm(50フィート)に巨大化してしまう。軍隊に捕らえられ政府の秘密基地に収容されたスーザンは「ジャイノミカ」と名付けられ、基地内にて個性的なモンスター達と暮らす事になる。ある日、巨大なロボット・エイリアンが地球に襲来。迫り来る人類の危機を回避するため、モンガー将軍はモンスター達の出動を大統領に提案する。
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大学を出たばかりのバリーは蜂蜜をつくる仕事についたが不満を持っていた。ミツバチの世界では1度決めた仕事は一生変わることができない。ある日バリーは決まりを破って巣の外に出る。殺されそうなところをヴァネッサに助けられ交友を築くが、彼女とともに行ったスーパーマーケットで棚に大量のミツバチが並んでいるのを見つける。蜂蜜が人間に横取りされていると知ったバリーは訴えを起こして蜂蜜をミツバチのもとに取り戻す。しかしミツバチが働かなくなったことで世界中の花が枯れてしまう。困ったバリーとヴァネッサはパサデナで開かれるフラワー・フェスティバルに出品される最後の花を受粉しに向かう。
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旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。