Taro Morishima

非情な私刑執行人パニッシャーは犯罪組織に単独で乗り込んでいたところを、国際平和維持組織S.H.I.E.L.D.の極秘ミッションを妨害したとして収監される。S.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリーは彼を釈放する代わりにブラック・ウィドウとチームを組み国際テロ組織リヴァイアサンによって盗まれたS.H.I.E.L.D.の軍事テクノロジーを奪還してほしいと持ちかける。アイアンマン、ハルク、ソーたちにも援護を要請し、2人は敵地へと潜入するが…。

アイアンマンを性能的にはるかに凌ぐ新型有機テクノロジーアーマーを開発した、若くも歪んだ天才技術者エゼキエル・ステイン。彼は、トニー・スタークが打ち上げようとしている人工衛星の発射場にテロ攻撃を仕掛け、巧みにアイアンマンを事件の首謀者に仕立て上げる。アイアンマンは自らの疑惑を果たすべく、自分を逮捕しようとする国家組織Ｓ．Ｈ．Ｉ．Ｅ．Ｌ．Ｄ．の追撃をかわしつつ、エゼキエルとの決戦に挑む。

アメリカ合衆国大統領直属のエージェントのレオンは、東スラブ共和国の内戦で、生物兵器「B.O.W.」が使用されているという情報を受けて、一人で潜入を試みる。しかし、ほどなく東スラブ共和国から手を引くことが決定し、同国からの撤退命令が下る。だがレオンは「B.O.W.」の脅威によりこれ以上犠牲者を出さないため、撤退せずに単独で同国内での戦闘を継続する。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

パプリカ/千葉敦子は、時田浩作の発明した夢を共有する装置DCミニを使用するサイコセラピスト。ある日、そのDCミニが研究所から盗まれてしまい、それを悪用して他人の夢に強制介入し、悪夢を見せ精神を崩壊させる事件が発生するようになる。敦子達は犯人の正体・目的、そして終わり無き悪夢から抜け出す方法を探る。