Scott Robideau

TVドラマで、飼い主の少女ペニーを守るスーパードッグ役を演じるスター犬・ボルト。撮影所の外を知らない彼はドラマを現実と思い込んでいた。ある日、ボルトはドラマの中でさらわれたペニーを救おうと、撮影所を飛び出しニューヨークへ行ってしまう。初めて見る外の世界で、野良猫ミトンズやハムスターのライノと出会い、自分がただの犬だと知るボルト。ショックに打ちのめされた彼は、自力でハリウッドに帰ることになる。

2万年前の地球。寒さを避けて南へと移動する動物たちとは反対に、孤独を愛するマンモスのマニーだけは北へ向かう。仲間に置いて行かれ、身の危険を感じたナマケモノのシドはマンモスといれば安心とマニーについていく。その頃、人間たちの小さな集落をサーベルタイガーのソト率いる一軍が襲っていた。赤ん坊のロシャンを抱いて必死で逃げる母ナディアだったが、川に転落、母子に気づいたシドにロシャンを託し、ナディアは命を落とす。無関心のマニーをよそに、シドはロシャンを人間のもとに届けると言い出すと、そこへソトの仲間ディエゴが近づいてきた。