Hideki Okamura

In the middle of the night, Sarah wakes up because she needs to go to the bathroom, an apparently simple task that will become in a great adventure.

対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、武器密売組織の拠点に突入し探索中に国際指名手配犯グレン・アリアスと対峙するが逃してしまう。一方、元ラクーン市警の特殊部隊「S.T.A.R.S.」の一員レベッカ・チェンバースは、大学で死者が甦り、凶暴化する事件の調査、研究する中、新型ウィルスの関与を突き止め、治療薬開発に成功するが直後、研究所が何者かに襲撃される。クリスは協力を求めて新型ウィルス事件に詳しい大統領直轄のエージェント組織「DSO」所属のレオン・Ｓ・ケネディのもとへ向かい、再会した二人は、アリアスのバイオテロ阻止のためニューヨークへと向かう。

宝石店に怪盗キッドが現われ、コナンが追い詰めるも取り逃がしてしまう。だがコナンはいつものキッドと違う手口から、その正体がルパン三世の変装だったことを見抜く。そんな折、人気歌手エミリオが来日したというニュースが報じられるが、コナンは映像の中にルパン一味の次元大介の姿を見つけ、事件を予見する。やがてルパンから警察に宛て、米花町の銀行の金庫に眠る秘宝・チェリーサファイアをいただくという予告が届き……。

尸魂界（ソウル・ソサエティ）の王族の秘宝“王印”の警護の任についていた日番谷率いる十番隊は、運搬中に謎の一団の襲撃に遭い“王印”を奪われてしまう。その際、日番谷が隊を飛び出し行方をくらましてしまう。数日後、傷ついた日番谷が運び込まれた黒崎医院に向かった一護。日番谷は何も語ろうとせず、行き違いの果てに、２人はついに剣を交えるのだった。

一護の暮らす現世の町・空座町（からくらちょう）。ある時、町に認識不能の霊生物“欠魂（ブランク）”が大量発生する異変が発生、一方尸魂界（ソウル・ソサエティ）では空に現世の景色が映し出される。世界崩壊の前兆とされるこれらの事態を前に、現世と尸魂界の秩序を守る護廷十三隊の死神たちは浮き足立つ。そんな中、現世にいる一護やルキアは、欠魂を一掃してみせた死神の少女・茜雫（せんな）と出会う。