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東京の街を一望できるベルツリータワーのオープニングセレモニーで絶景を楽しむコナンたちの目の前で男が狙撃される。コナンは女子高校生探偵の世良真純とともに犯人を追うが、惜しくも逃げられてしまった。超長距離からの狙撃という前代未聞の事態に、ある事件との関連を疑う米FBIと日本の警察との合同捜査が開始される。やがて、捜査線上に米海軍特殊部隊シールズに所属していた狙撃手が浮かび上がり……。
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本を読むことが好きで勉強には自信があるが内気な兄ジャックと、人間でも動物でもすぐに友達になれる元気いっぱいの妹アニーは大の仲良し。ある日、いつものように森に遊びに出掛けた2人は、森の中で木の上に乗った不思議な小屋を見つける。何とそれは、好きなときに好きな場所に時空を超えてタイムスリップできる魔法のツリーハウスだった。
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不仲な両親の間で育ったミヨリ(11歳)。そのせいか空想癖があり、いつも心を閉ざして他人との関係をずっと否定してきた意地っ張りな少女だった。母は男をつくって家を出て行き、ミヨリを一人で育てることに不安を感じた父は、ミヨリを祖母の住む田舎に預ける。祖母の家に着いた早々にミヨリは近くの森に散歩に出かける。ミヨリは何もない森の中で強い孤独を感じていた。しかしその森で数々の不思議な出来事に遭遇する。雷で折れたはずの桜の木が花をつけていたり、いるはずのないトラが現れたり、それはいつもの自分の空想ではなかったのだ。
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父親の帽子店で帽子を作って暮らしていた18歳のソフィーは、荒野の魔女の呪いで90歳の老婆の姿になってしまう。彼女はハンサムだが気弱な魔法使いハウルと出会って、彼の居城でいっしょに暮らすようになるが、その城は4本足で歩く動く城だった。