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趣味の絵と本と想像の中で、自分の世界を生きるジョゼ。幼いころから車椅子の彼女は、ある日、危うく坂道で転げ落ちそうになったところを、大学生の恒夫に助けられる。 海洋生物学を専攻する恒夫は、メキシコにしか生息しない幻の魚の群れをいつかその目で見るという夢を追いかけながら、バイトに明け暮れる勤労学生。 そんな恒夫にジョゼとふたりで暮らす祖母・チヅは、あるバイトを持ち掛ける。それはジョゼの注文を聞いて、彼女の相手をすること。 しかしひねくれていて口が悪いジョゼは恒夫に辛辣に当たり、恒夫もジョゼに我慢することなく真っすぐにぶつかっていく。そんな中で見え隠れするそれぞれの心の内と、縮まっていくふたりの心の距離。その触れ合いの中で、ジョゼは意を決して夢見ていた外の世界へ恒夫と共に飛び出すことを決めるが……。
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白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「I・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「I・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵(ヴィラン)にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう!いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―!その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。
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東京の街を一望できるベルツリータワーのオープニングセレモニーで絶景を楽しむコナンたちの目の前で男が狙撃される。コナンは女子高校生探偵の世良真純とともに犯人を追うが、惜しくも逃げられてしまった。超長距離からの狙撃という前代未聞の事態に、ある事件との関連を疑う米FBIと日本の警察との合同捜査が開始される。やがて、捜査線上に米海軍特殊部隊シールズに所属していた狙撃手が浮かび上がり……。
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不仲な両親の間で育ったミヨリ(11歳)。そのせいか空想癖があり、いつも心を閉ざして他人との関係をずっと否定してきた意地っ張りな少女だった。母は男をつくって家を出て行き、ミヨリを一人で育てることに不安を感じた父は、ミヨリを祖母の住む田舎に預ける。祖母の家に着いた早々にミヨリは近くの森に散歩に出かける。ミヨリは何もない森の中で強い孤独を感じていた。しかしその森で数々の不思議な出来事に遭遇する。雷で折れたはずの桜の木が花をつけていたり、いるはずのないトラが現れたり、それはいつもの自分の空想ではなかったのだ。
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謎の忍者集団の奇襲を受けた木の葉隠れの里。立ち上がったナルトたち一行の前に現れたのは、木の葉チームメイトの一員だったサスケだった。一族を裏切った兄、イタチへの復讐(ふくしゅう)を誓ってから、木の葉隠れの里を後にしていたサスケ。かつての親友だった2人だが、闘いの火ぶたは切って落とされる。
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南海に浮かぶ常夏の島・みかづき島にある月の国。世界的な富豪でもあるその国の王子ミチルは、息子ヒカルとともに諸国漫遊の旅に出ていた。今回ナルトたちに与えられた任務は、王子親子を無事にみかづき島まで送り届けること。サーカス団を丸ごと買ってしまうような王子の桁外れの金持ちぶりに振り回されるナルトたちだが、ようやくみかづき島にたどり着いてみると、そこでは大臣の裏切りによりクーデターが勃発していた。
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筒井康隆の小説『時をかける少女』が原作であるが、原作の物語の映画化ではなく、原作の出来事から約20年後を舞台に次世代の登場人物が繰り広げる物語を描く続編である。