Ji Hyun Yoon

西暦2740年。宇宙を守る任務を帯びたエージェントのヴァレリアンとローレリーヌは、星から星へと飛び回り、あらゆる種族が共存する“千の惑星都市・アルファ”へ派遣される。しかし、その深部には謎の放射線反応が見られ、“アルファ”は滅亡の危機にあった。「10時間以内にその原因を究明せよ」という極秘ミッションを託された2人の前に突如現れたのは、30年前に消えたはずの惑星の住人たちだった。

キュートな外見とは裏腹にエリートスパイとして活躍するペンギンズは秘密の潜入捜査中、かつて動物園で彼らに人気を奪われたことを恨むタコのデーブに誘拐される。デーブが人間の姿をしたオクト博士に姿を変え、世界中のペンギンへの復讐（ふくしゅう）を計画していることを知ったペンギンズは、スパイ軍団「ノース・ウィンド」と手を組み邪悪な陰謀に立ち向かう。

一人気ままに生きる、いたずらが大好きな妖精ジャック・フロスト。ある日、サンタクロースのノースに呼び出されたジャックは、悪夢をもたらす精霊のピッチが、人間の子供たちに怖い夢を見せて世界を闇に変えようとしていることを告げられる。「この危機を食い止めるには君の力が必要」と言われ、戸惑いを隠せないジャック。しかし、歯の妖精トゥースや眠りの妖精サンドマンたち仲間の力を借りて、共に戦うことを決意する。

長ぐつをはいたネコことプスは孤児院でイメルダによって育てられたが「無実の罪」で街を追われ賞金首になっていた。ある日街の酒場で魔法の豆の話を耳にする。魔法の豆とはプスが自身の半生を費やして遂には見つけることが叶わなかったものであるが、ジャックとジルがその魔法の豆を持っているという情報を聞いてその豆を盗もうと行動に移す。 しかし、その場で謎の覆面ネコと居合わせ、覆面のネコも魔法の豆を盗もうとしており口論の末にジャックとジルに見つかってしまい豆を盗むのに失敗してしまう。プスは覆面のネコと対決してこのネコがメスのキティだと分かる。そしてこの場で旧友のハンプティ・ダンプティと7年ぶりに再会する。ハンプティとは前述の「無実の罪」の元凶となっており、プスに魔法の豆の木を登って雲の上にある巨人の城へ行き伝説のアヒルが産む金の卵を探し当てようと持ちかける。 プスは、ハンプティ達を信用できないと一旦は拒否するも、再び街の人々の信頼を取り戻して自分へかかった無実の罪を相殺できるのではないかと考え話を受け入れる。しかし、その裏にはプスの想像を超えるような罠が待ち受けていた。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。