Jon Jordan Dibartolomeo

携帯電話会社のCEOでニューヨーク市長候補のスタックスは選挙キャンペーン中、車にはねられそうになった少女を助ける。彼女の名はアニー。4歳のときにレストランに置き去りにされ、現在は横暴なハニガンが営む施設で暮らしていた。スタックスはそんな彼女の境遇を選挙戦に利用しようと、彼女を引き取り、超高層ビルのペントハウスで一緒に暮らし始める。最初は反りが合わなかった2人だが、いつしか固い絆が芽生えていく。

1900年代のニューヨーク、幼少期に両親と離れ離れになったピーターは、裏社会を牛耳る男の下で悪事を働く毎日を過ごしていた。そんなある日、美しい令嬢ベバリーと出会った彼は瞬く間に恋に落ちるが、不治の病に侵され余命わずかな彼女は亡くなってしまう。100年後、記憶を失ったピーターは生きる意味さえもわからず街をさまよっていた。

秘密組織MIB所属のエージェントJとKは、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持たず何の情報提供もしてくれない。次の日、本部でJはKを捜していたが40年以上も前に死亡していたと聞く。