Iain Mathieson

海軍が極秘に進めているテロ対策プロジェクトにベン・ギャノン大尉、カーラ・ウェイド大尉、ヘンリー・パーセル大尉の3人がパイロットとして選抜された。さらにそのチームに新たな仲間が加わるが、その仲間とは最新鋭の人工頭脳を搭載した無人ステルス戦闘機だった。

銀河共和国と分離主義勢力の対立が生んだクローン大戦勃発から3年後。共和国のパルパティーン最高議長が分離主義者ドゥークー伯爵に誘拐された事件を、ジェダイ騎士オビ＝ワンとその弟子アナキンは解決。騎士として認められたアナキンだが、ジェダイと対立するシスのパルパティーンはフォース（理力）のダークサイド（暗黒面）にアナキンを誘い込む。同じころ、アナキンと結婚したパドメはアナキンの子どもである双子を身ごもる。

南北戦争時代のアメリカ。北軍の士官として参軍したネイサン・オールグレン大尉は南軍やインディアンと戦いの中、無関係のインディアン部族を攻撃し、子供たちを撃ち、良心の呵責に悩まされ酒浸りになる。日本の実業家の大村はバグリー大佐を介し軍隊の教授職として雇いに来ていた。当時の日本は明治維新で近代国家建設のために急速な近代的軍備増強が必要だった。多額の報酬に魅せられたオールグレンは、僚友ガントとともに日本に渡り、軍隊訓練を指揮する。

青年へと成長したアナキン・スカイウォーカーはオビ＝ワン・ケノービの指導の下、フォースの力を習得し優秀なジェダイの騎士となるべく修行に励んでいた。その頃、銀河元老院では、ドゥークー伯爵の画策により、数百もの惑星が一斉に共和国からの脱退を宣言する。これにより、ジェダイだけでは銀河を統治できないと判断した元老院では、クローン軍隊の是非を問う重要な投票が行われようとしていた。この会議に出席するため惑星コルサントに向かっていたナブーの元女王アミダラは、途中で何者かに命を狙われる。オビ＝ワンとアナキンはこの事件の調査のためナブーへと派遣されるのだったが…。