Maximillian McNair MacEwan

スーパーマンが、メトロポリスでゾッド将軍と死闘を繰り広げてから2年。当時、現場に居合わせたブルース・ウェインは人知を超えた戦いで出た被害により友人や部下を失い、ゴッサム・シティでバットマンとして悪と戦う彼にとって看過できない事件だった。スーパーマンは世界各地で人々を救い続けていた。新聞記者クラーク・ケントとして過ごす日常では、同僚ロイス・レインとの仲もさらに深まっていた。大企業レックス・コーポレーション社長レックス・ルーサーは異星人とそのテクノロジーに強い興味を抱き２年前に墜落した宇宙船や異星人の遺体を独自に研究していた。

近未来の地球では植物の枯死、異常気象により人類は滅亡の危機に立たされていた。元宇宙飛行士クーパーは、義父と15歳の息子トム、10歳の娘マーフとともにトウモロコシ農場を営んでいる。マーフは自分の部屋の本棚から本がひとりでに落ちる現象を幽霊のせいだと信じていたが、ある日クーパーはそれが何者かによるメッセージではないかと気が付く。クーパーとマーフはメッセージを解読し、それが指し示している秘密施設にたどり着くが、最高機密に触れたとして身柄を拘束される。

人工知能PINNの開発研究に没頭するも、反テクノロジーを叫ぶ過激派グループRIFTに銃撃されて命を落としてしまった科学者ウィル。だが、妻エヴリンの手によって彼の頭脳と意識は、死の間際にPINNへとアップロードされていた。ウィルと融合したPINNは超高速の処理能力を見せ始め、軍事機密、金融、政治、個人情報など、ありとあらゆるデータを手に入れていくようになる。やがて、その進化は人類の想像を超えるレベルにまで達してしまう。

継父の陰謀で家族を奪われ、心を病んだ患者の施設に送られた少女ベイビードール。ロボトミー手術を受けさせられることになった彼女は、同じ境遇にある同性で同世代の患者たち、ロケット、ブロンディ、アンバー、スイートピーの4人に一緒に抵抗しようと呼びかけるが、4人はベイビードールの計画にためらう。ついに絶体絶命の窮地に立ったベイビードールは自身の心が自由になれる空想の世界で自分や4人の仲間を抑圧する悪と戦う。