Isabel Zippert

黒いサングラスでブラックスーツに身を包み、地球上に生息するエイリアンの監視・取り締まりを行う最高機密機関「メン・イン・ブラック」(MIB)。エリート新人女性エージェントMは、ロンドン支部でイケメンチャラ男だが敏腕のエージェントHとチームを組み、MIB内部に潜伏するスパイを摘発する任務にあたる。エージェントの姿に化けたエイリアンを探す為、イギリス、フランス、モロッコと世界各国で捜査を進める二人に危機が迫っていた。スパイが仕掛けた裏工作により、逆に二人はMIBから追われる身となってしまう―。

軍の退役後、生物学教授として大学にて教鞭をとるレナのもとに1年前の極秘任務に赴いたまま行方不明だった夫ケインが突然現れる。しかし、ケインは記憶が曖昧で、どうやって家に戻ったのかすら理解できていない。ケインはその後、容態を崩し、病院への搬送中、軍によってレナとともに拘束され研究施設に連れていかれる。施設でレナは心理学者のヴェントレスによってケインが危篤状態であると告げられ、ケインはこの施設の外に広がるシマーと呼ばれるエリアからの唯一の生存者であると説明される。レナはベントレスがシマーを物理学者のジョージー・ラデク、人類学者のキャス・シェパード救急医療隊員のアーニャ・ソレンセンを率いて調査することを知り、この探検隊への参加を自ら志願する。

ボディガードのマイケル・ブライスは日本人の武器商人、クロサワの護衛を担当することとなった。任務を無事に終えられると思った矢先、クロサワは暗殺されてしまった。それから2年後。依頼人を守り切れなかったブライスは一線を退き、会社社長の護衛をすることで生計を立てていた。その頃、ベラルーシの独裁者、デュコビッチは人道に対する罪を犯したとして国際司法裁判所で裁かれることになっていた。しかし、彼が犯した罪を追及することは困難を極めることとなった。デュコビッチは自らの罪を立証できるような人間を片っ端から殺していたためである。国連にとっての最後の希望はダリウス・キンケイドであった。凄腕のヒットマンとして知られるキンケイドは、妻（ソニア）の釈放と引き替えにデュコビッチを有罪にするための証言をすることに同意したのであった。

ベイビーは、その天才的なドライビング・センスを買われ、闇組織の運転手として銀行、現金輸送車を襲ったメンバーの逃亡を手助けすることを仕事としていた。彼は、子供の頃の交通事故が原因で耳鳴りに悩まされ続けていたが、音楽を聴くと耳鳴りがかき消され、ドライビング・テクニックがさらに覚醒し誰も止めることも追いつくこともできない、イカれたドライバーへと変貌するのだった。組織のボスで作戦担当のドク、すぐにブチ切れ銃をブッ放すバッツ、凶暴すぎる夫婦、バディとダーリン。彼らとの仕事にスリルを覚え、才能を活かしてきたが、恋人デボラの存在を組織に嗅ぎつけられたことから、合衆国郵便局の襲撃を最後の仕事に、このクレイジーな環境から抜け出す決意をする。