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ある日、新たな敵・ナハネ、オハネフそして謎の巨大怪物体が地球を奪うために宇宙から襲来。その突然の攻撃により父・ホクトが行方不明になり、ハヤトの平穏な日々は一転する。そこに現れたのは、時空を超えてやってきた“9歳のホクト”。少年のホクトは、地球を守るため、そして元の世界に戻るため、超進化研究所が密かに開発を進めていた「シンカリオン ALFA-X」の運転士になることを決心する。さらに二人の想いを後押しする、北海道支部・山形支部・大宮支部・名古屋支部・京都支部・門司支部の<チームシンカリオン>が集結!宇宙最強の敵を倒し、ハヤトは父・ホクトと再会することができるのか!?
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江戸の世。「伏」と呼ばれる半人半犬の者たちの暗躍が耳目を集めていた。人の生魂をとって食らうという彼らに、幕府は高額の懸賞金をかけ、それを狙う者の追撃も後を絶たなかった。 伏を討ち捕え浪人暮らしを脱しようと考えた男道節は、陸奥の山奥で猟師をしている妹浜路を江戸に招く。人並み外れた腕を持つものの、江戸にあっては何も知らぬ小娘に過ぎない浜路は、ひょんなことから男たちに追われる優男信乃に出会う。男たちを退け、道節の住む長屋に浜路を送り届けた信乃は、知らぬうちに姿を消していた。 さっそく兄の案内で伏狩りに出、伏である吉原の凍鶴太夫を仕留めたことで、今までの狩りにない感情を味わう浜路。それは再会した信乃という伏に対する、慕情という形で結実するのだった…。
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雲隠れの里の長である雷影暗殺未遂と、霧隠れと岩隠れの上忍を殺害した罪に問われたナルトは、ブラッド・プリズンといわれる罪人収監所・鬼灯城(ほおずきじょう)に投獄される。城の主「無為(むい)」が操る最強の禁固術により力を奪われるこの場所で、何者かに命を狙われるナルト。無実を証明すべく、事件の真相を追うナルトと仲間たちの戦いが始まる。
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中学生の天童純は、父を7年前に亡くし京都で母と2人暮らしをしている。ある日、純は学校帰りに突然現れた謎の魔物に追いかけられる。純は古寺に迷い込み、僧侶・源雲に助けられる。しかし、純はそのまま時空を超えて平安の都に連れて行かれる。平安の世界で純は貴族から「鬼」と呼ばれる者たちが様々な妖術で自然を操り都の安寧を脅かしているという話を聞く。その戦いに終止符を打つためには、封印されたオロチを目覚めさせる伝説の選ばれし救いの御子が必要であり、それが純だと告げられる。
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雲、岩、霧、砂という4つの国の里を守る優秀な忍たちがある日突然姿を消す。4つの国で代々一族によって受け継がれてきた“血継限界”と呼ばれる強大な特殊能力を持つ4人の忍が消えたのだが、唯一火の国だけはその難を逃れていた。今にも第四次忍界大戦が起きそうな予感から、火の国の大名は綱手に何としてでも真相を探るよう厳命する。
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ピアニストを夢見る雨宮修平は転校初日に、“森にある壊れたピアノを弾いてくる”という肝試しを命じられてしまう。困り果てる修平を見かねた一ノ瀬海(上戸彩)は一緒に森へ出かけるが、実は、その森のピアノは海だけが弾くことができるのものだった。海と修平はピアノを弾く喜びを実感し、次第に友情を深めていく。
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世界大戦による核戦争後の近未来。暴力が支配する闇と混沌の世界の中、1800年の歴史を持つ究極の暗殺拳・北斗神拳の伝承者ケンシロウは、救世主と呼ばれる道を歩み出す。一方、北斗を離れた長兄のラオウは、武力と恐怖による支配こそ、この世界に新しい秩序をもたらすと信じ、ケンシロウとは真逆の道を歩き出していた。
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ある嵐の夜、山羊のメイは山小屋に避難した。同様に1匹のオオカミ(ガブ)も同じ山小屋に避難してきた。真っ暗な闇の中、かぜ気味で鼻の利かない2匹は互いの正体を知らないまま夜通し語り合い、意気投合する。そして「あらしのよるに」を合い言葉に翌日再び会う約束をする。
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舞台女優・牧樹里の元に、怪盗キッドから宝石“スター・サファイア”を盗み出すという予告状が届く。牧から宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状の暗号からキッドが舞台公演中に現れると推理。宝石を守るため、小五郎、蘭、コナンたちは劇場を訪れるが、驚くべきことにコナンたちの前に工藤新一に扮したキッドが現われた。対峙する2人。コナンvsキッド。今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……。