Meg Thornton

秘密組織MIB所属のエージェントJとKは、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持たず何の情報提供もしてくれない。次の日、本部でJはKを捜していたが40年以上も前に死亡していたと聞く。

ある日、CIAの元にロシアからの亡命者オルロフが出頭し女性諜報員のイヴリン・ソルトが尋問する。彼は、ソ連崩壊後もクレムリンの意向とは別にアメリカに潜入しているスパイたちは一斉に蜂起する時を待っており、その中の一人が近く行われるアメリカ副大統領の葬儀に出席するロシア大統領を暗殺する計画があると語った。更にそのスパイの名は「イヴリン・ソルト」であると告げる。

狡猾な男ダルトン・ラッセル率いる４人の銀行強盗グループが、白昼のマンハッタン信託銀行を急襲、従業員と客を人質に取り立てこもる。事件発生の連絡を受け、ＮＹ市警のフレイジャーとミッチェルが現場へ急行。しかし、周到な計画のもと俊敏に行動する犯人グループを前に、フレイジャーたちも容易には動きが取れず膠着した状態が続く。一方、事件の発生を知り激しく狼狽するマンハッタン信託銀行会長のアーサーは、やり手の女性弁護士マデリーンを呼び出すと、ある密命を託し、現場へと送り出すのだった…。