Staci Greenbaum

1900年代のニューヨーク、幼少期に両親と離れ離れになったピーターは、裏社会を牛耳る男の下で悪事を働く毎日を過ごしていた。そんなある日、美しい令嬢ベバリーと出会った彼は瞬く間に恋に落ちるが、不治の病に侵され余命わずかな彼女は亡くなってしまう。100年後、記憶を失ったピーターは生きる意味さえもわからず街をさまよっていた。

秘密組織MIB所属のエージェントJとKは、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持たず何の情報提供もしてくれない。次の日、本部でJはKを捜していたが40年以上も前に死亡していたと聞く。

ある日、CIAの元にロシアからの亡命者オルロフが出頭し女性諜報員のイヴリン・ソルトが尋問する。彼は、ソ連崩壊後もクレムリンの意向とは別にアメリカに潜入しているスパイたちは一斉に蜂起する時を待っており、その中の一人が近く行われるアメリカ副大統領の葬儀に出席するロシア大統領を暗殺する計画があると語った。更にそのスパイの名は「イヴリン・ソルト」であると告げる。