Agnes Toomus

IMFのエージェント“イーサン・ハント”と彼のチームは、盗まれた３つのプルトニウムの回収を目前にしていた。だが、突如現れた何者かの策略で仲間の命が危険にさらされ、その最中にプルトニウムを奪われてしまう。イーサンとIMFチームは、プルトニウムを再び奪い返し、複数の都市の“同時核爆発を未然に防ぐ新たなミッション”を受ける。この事件の裏側には、シンジケートの生き残り勢力が結成したアポストル（神の使徒）が関連しており、手がかりは“ジョン・ラーク”という正体不明の男の名前と彼が接触する“ホワイト・ウィドウ”と呼ばれる謎めいた女の存在のみだった。

宇宙において最凶・最悪の存在であるサノスが、自身の野望の実現に向けて立ち上がる。それは宇宙で生きている者の半分を葬り去り、“バランスの取れた宇宙”を実現するというもの。サノスはそのために、6つそろえればその野望を叶えることができる“インフィニティ・ストーン”を集め始める。サノスはまず、ソーとハルクが乗ったアスガルドの宇宙船を襲い、やがてドクター・ストレンジらがいる地球のニューヨークにも襲い掛かる。

前作で描かれた人類とKAIJUの死闘から数年が経過し、平穏が戻っていた地球。しかし進化を遂げたKAIJUが再び姿を現した事で、つかの間の平和は脆くも崩れ去る―。さらに、謎の黒いイェーガ―"オブシディアン・フューリー"の出現により、人類を守るはずのイェーガ―同士による激しい戦いも発生。果たして、スタイリッシュに洗礼されパワーアップした新世代のイェーガーに乗り込む若きパイロット達は、迫りくる危機を乗り越える事は出来るのか。

軍の退役後、生物学教授として大学にて教鞭をとるレナのもとに1年前の極秘任務に赴いたまま行方不明だった夫ケインが突然現れる。しかし、ケインは記憶が曖昧で、どうやって家に戻ったのかすら理解できていない。ケインはその後、容態を崩し、病院への搬送中、軍によってレナとともに拘束され研究施設に連れていかれる。施設でレナは心理学者のヴェントレスによってケインが危篤状態であると告げられ、ケインはこの施設の外に広がるシマーと呼ばれるエリアからの唯一の生存者であると説明される。レナはベントレスがシマーを物理学者のジョージー・ラデク、人類学者のキャス・シェパード救急医療隊員のアーニャ・ソレンセンを率いて調査することを知り、この探検隊への参加を自ら志願する。