Jeff Budsberg

悪の支配者から島を、そして仲間たちを守るため、ヒックとドラゴンのトゥースの新しい冒険が今、始まる！　ドラゴンと人間が共存するバーク島では、賑やかなドラゴンレースが開催されていた。レースに参加しないヒックは、ドラゴンのトゥースに乗って地図にない場所を求め探検へ出かけてゆく。見慣れない島を発見したヒックは、そこで巨大なドラゴンを操る集団を見つけるが、何と彼らはバーク島を狙っていた。

言葉が話せ、人間以上の知能を誇る天才犬ピーボ博士と、養子になった人間の少年シャーマン。2人は実の親子以上の絆で結ばれていた。だがある日、シャーマンが学校で同級生の少女ペニーとトラブルを起こしてしまう。博士はペニーと両親を自宅に招き、和解するためのパーティーを開くのだが、そのさなか博士がタイムマシンを発明したことを知ったペニーが、勝手にマシンを使って古代エジプトへとタイムトラベルしてしまう。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。