Bryan Ryan

ロサンゼルスで娘と暮らす元FBI特別捜査官のルーク・ホブスと、ロンドンで優雅な生活を送る元MI6エージェントのデッカード・ショウ。彼らもとに消息不明となったMI6の女性エージェント、ハッティの保護を求める政府の協力要請が入る。彼女は新型ウイルス兵器をテロ組織から奪還したが組織を率い肉体改造が施されたブリクストンに襲われ消息を絶った。また、彼女はショウの妹である。ホブスとショウは協力を拒否するがウイルス兵器回収のため仕方なく手を組む事になる。

氷河期。とある村の若者ケダは首長である父らと初めての狩りに出るが、バイソンの群れに襲われ、断崖絶壁から転落してしまった。気絶から痛みと寒さで目覚めた彼は、自分がひとり取り残されてしまったことを知る。程なく、傷つき弱った彼をオオカミの群れが狙うが、ケダは群れのボスを倒してなんとかオオカミたちを追い払う。だが、心優しい彼は手負いのボスにとどめを刺せず、アルファと名付けてともに旅をする。

IMFのエージェント“イーサン・ハント”と彼のチームは、盗まれた３つのプルトニウムの回収を目前にしていた。だが、突如現れた何者かの策略で仲間の命が危険にさらされ、その最中にプルトニウムを奪われてしまう。イーサンとIMFチームは、プルトニウムを再び奪い返し、複数の都市の“同時核爆発を未然に防ぐ新たなミッション”を受ける。この事件の裏側には、シンジケートの生き残り勢力が結成したアポストル（神の使徒）が関連しており、手がかりは“ジョン・ラーク”という正体不明の男の名前と彼が接触する“ホワイト・ウィドウ”と呼ばれる謎めいた女の存在のみだった。

前作で描かれた人類とKAIJUの死闘から数年が経過し、平穏が戻っていた地球。しかし進化を遂げたKAIJUが再び姿を現した事で、つかの間の平和は脆くも崩れ去る―。さらに、謎の黒いイェーガ―"オブシディアン・フューリー"の出現により、人類を守るはずのイェーガ―同士による激しい戦いも発生。果たして、スタイリッシュに洗礼されパワーアップした新世代のイェーガーに乗り込む若きパイロット達は、迫りくる危機を乗り越える事は出来るのか。