Jesse Chapman

モンスターたちの戦いの後、特務機関モナークが巨大怪獣(タイタン)の故郷(ルーツ)の手掛かりを探る中、深海からゴジラが再び現れる。世界の危機を前にゴジラが暴れまわる原因を見いだせない人類は、キングコングを髑髏島(スカルアイランド)から連れ出し、ゴジラと対決させようとする。

前作で描かれた人類とKAIJUの死闘から数年が経過し、平穏が戻っていた地球。しかし進化を遂げたKAIJUが再び姿を現した事で、つかの間の平和は脆くも崩れ去る―。さらに、謎の黒いイェーガ―"オブシディアン・フューリー"の出現により、人類を守るはずのイェーガ―同士による激しい戦いも発生。果たして、スタイリッシュに洗礼されパワーアップした新世代のイェーガーに乗り込む若きパイロット達は、迫りくる危機を乗り越える事は出来るのか。

モーグルのオリンピック代表の選考大会でけがをしてしまったモリー・ブルームは、競技から退くことを決める。ハーバード大学に進学するまでの1年間をロサンゼルスで過ごすことにした彼女は、勤務先の上司から違法ポーカーゲームのアシスタントをしてほしいと持ち掛けられる。巨額の金を賭けるハリウッドスターや企業経営者に臆することなく見事な采配ぶりを見せるモリー。やがて彼女は自分のゲームルームを構えて成功を収めるが、10年後にFBIに逮捕される。

カーク船長率いるエンタープライズ号は、未踏の星に不時着した探査船を捜索していた。すると突然、謎の異星人・クラールがエンタープライズ号を襲撃。カークたちは脱出するも、艦は墜落し、クルーは散り散りになってしまう。不時着した見知らぬ惑星で、カークは約100年前に消息を絶ったエディソンが乗艦していたフランクリン号を発見。そこには、あるものが残されていた。