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ある事情で家を出てきた17歳のユイと、 両親を事故で亡くしたショックで声を失った8歳のひより。 居場所を失った二人は、ふしぎなおばあちゃん・キワさんと出会い、 海を見下ろす岬に建つ、ふしぎな古民家 “マヨイガ”に住むことに。
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人と妖の間で忙しい毎日を送る夏目は、偶然昔の同級生・結城と再会したことで、妖にまつわる苦い記憶を思い出す。
そんな頃、夏目は、名前を返した妖の記憶に出てきた女性・津村容莉枝と知り合う。
レイコのことを知る彼女は、いまは一人息子の椋雄とともに穏やかに暮らしていた。
彼らとの交流に心が和む夏目。
だが、親子の住む町には謎の妖が潜んでいるらしかった。
そのことを調べに行った帰り、ニャンコ先生の体についてきた"妖の種"が、藤原家の庭先で、一夜のうちに木となって実をつける。
どことなく自分に似た形のその実を食べてしまったニャンコ先生が、なんと3つに分裂してしまう――!?
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少年エイジは、昔、多くの罪人が空に落ちた空を忌み嫌う世界・アイガに住んでいる。そんな彼の前に突然、地下の世界からやってきたサカサマの世界の少女パテマが現れる。その頃、サカサマ人が現れたとの報告が来て、アイガの君主・イザムラは治安警察のジャクに捜索を命じる。エイジはパテマを連れて逃げようとするがパテマは捕えられてしまう。
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夏休みに、祖父の家に遊びに来ていた少女・蛍は、妖怪たちが住むといわれる“山神の森”へ迷い込んでしまう。途方に暮れ、泣き出した蛍の前に現れたのは、狐の面を被った少年・ギン。ギンに助けられた蛍は、毎年夏になると、ギンのもとを訪れるようになる。そして、ふたりはいつしか惹かれあってゆく。だがギンは、人でも妖怪でもない、触れると消えてしまうという不思議な存在だった。