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統一暦1926年。金髪碧眼の少女ターニャ・フォン・デグレチャフ少佐率いる帝国軍第203航空魔導大隊は、南方大陸での共和国軍残党との戦いに勝利する。凱旋休暇を期待していた彼らだったが、連邦国境付近における大規模動員の兆候が確認され、参謀本部から新たな特命が下る。その頃、連合王国主導の多国籍義勇軍が連邦内部に足を踏み入れる。その中には、父を殺した帝国に対する正義を求めて銃を取った少女メアリー・スー准尉の姿もあった。
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徳川幕府の終わりが宣言され、徳川慶喜が大阪へと下ったことで、新選組も戦いに備えて伏見奉行所へ屯所を移すことになる。そして慶応3年、新選組隊士の市村鉄之助は、かねて親しくしていた少女・沙夜への思いを抱きながらも、副長・土方歳三の小姓として、隊医で親友の山崎烝、兄の辰之助らと新選組として運命を共にしようとするだが……。
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拓海は、赤城最速の男・高橋涼介とのバトルを前にして、そう呟く。拓海の脳裏には高橋涼介の姿が広がっていた。自分は走り屋ではないといい、家業の豆腐屋の手伝いで乗っていたハチロクには興味がなく、峠のバトルに熱意を示さなかった青年は自分のなかの変化に気付いていた。一方、高橋涼介はFC3Sの仕上げにかかっていた。彼の最終判断はマシンのスペックを下げること。340馬力から260馬力に下げ、パワーよりもトータルバランスを重視する。「屈辱だ」という涼介の口元からは笑みが消える。秋名の峠を舞台に、ふたりの運命を決定づける伝説のバトルが始まろうとしていた。ひとりが勝ち、ひとりが負ける。どちらが勝つのも負けるのも見たくない。その場の誰もが不思議な気持ちを抱えていた。公道に並んだハチロク、FC3Sの間に涼介の弟、啓介が立つ。運命のカウントダウンが刻まれる。勝負の時は拓海の未来とともに、今、走りだす!!