Stereoscopic Editor
近未来の地球。侵略者の激しい攻撃に、人類の軍事力ではもはや太刀打ちできなくなっていた。対侵略者の任務に就いたウィリアム・ケイジ少佐は、戦闘によって亡くなる。しかし、タイムループの世界にとらわれ、戦闘と死を繰り返す。そんな中、特殊部隊の軍人リタ・ヴラタスキと出会ったケイジは、彼女と一緒に何度も戦闘と死を繰り返しながら戦闘技術を向上させる。
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スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、グウェンとの関係も好調なピーター。だが、旧友のハリー・オズボーンがニューヨークに戻ってきたのを機に、充足していた生活が微妙に変化していく。そんな折、サイ型パワードスーツを装着したライノ、人間発電機エレクトロという敵が出現。苦闘を強いられる中、追い打ちをかけるように怪人グリーン・ゴブリンとなったハリーが襲い掛かってくる。
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潜入捜査中に亡くなった刑事ニック。だが、生前の刑事としての活躍や経歴を見込まれて、成仏できずに現世に紛れ込んでいる悪霊たちを逮捕しては霊界に送還する組織R.I.P.D.のエージェントにスカウトされる。1800年代からエージェントを務めている大ベテランのロイとコンビを組み、次々と悪霊を捕まえていくニック。その後、二人は霊界へと通じているトンネルから悪霊たちを現世に逆流させるという陰謀が進められていることを逮捕者から聞き出す。
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秘密組織MIB所属のエージェントJとKは、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持たず何の情報提供もしてくれない。次の日、本部でJはKを捜していたが40年以上も前に死亡していたと聞く。