Makoto Koyama

ロサンゼルスで娘と暮らす元FBI特別捜査官のルーク・ホブスと、ロンドンで優雅な生活を送る元MI6エージェントのデッカード・ショウ。彼らもとに消息不明となったMI6の女性エージェント、ハッティの保護を求める政府の協力要請が入る。彼女は新型ウイルス兵器をテロ組織から奪還したが組織を率い肉体改造が施されたブリクストンに襲われ消息を絶った。また、彼女はショウの妹である。ホブスとショウは協力を拒否するがウイルス兵器回収のため仕方なく手を組む事になる。

2022年にアメリカ西海岸で大規模な停電が起きたのをきっかけに世界は食物供給が混乱するなど危機的状況を迎える。2025年、科学者ウォレスが遺伝子組み換え食品を開発し、人類の危機を救う。そして、元捜査官デッカードが突然行方をくらませて以来30年の月日が流れた2049年には、レプリカント（人造人間）の寿命に制限がなくなっていた。

カリスマ的な統率力を誇る猿のシーザーが、仲間を率いて人類への反乱を起こしてから10年後。遺伝子の進化、知能と言語の獲得により猿たちはさらに進化を遂げ、独自の文明を形成、森の奥に平和なコミュニティを築いていた。一方、10年前に自らが生み出したウイルスにより人類は90％が死に追いやられ、僅かな生存者グループは、荒廃した都市部の一角に身を潜め、希望なき日々を過ごしている。そんなある日、人間たちが資源を求めて森に足を踏み入れたことから、猿たちとの間に危うい緊張が走る。