Chad Finnerty

2025年、人類は地球の自然環境を破壊してしまい、遠く離れた惑星ノヴァ・プライムに移住する。ノヴァ・プライムの先住民は、人の恐怖心を察知して人類を抹殺する巨大生物「アーサ（URSA)」を作り上げた。レンジャー部隊の候補生である13歳のキタイ・レイジは訓練に励んでいたが、能力的な成績は良いものの精神的には未熟とみなされ、正式任用には不適格とされてしまう。幼少の頃、姉のセンシ・レイジが「アーサ」に殺害されるのを見た恐怖心が拭えないためでもあった。

秘密組織MIB所属のエージェントJとKは、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持たず何の情報提供もしてくれない。次の日、本部でJはKを捜していたが40年以上も前に死亡していたと聞く。

2009年、リムジン運転手のジャクソン・カーティスは、子どもたちとの旅行を楽しんでいた。ところが、偶然湖底に沈む巨大な研究施設を発見し、地球が滅亡に向かっていることを知る。この危機から逃れる手はないものかと模索するジャクソンだったが、すでに天災は地球上の至るところで起こり始める。