Kazuyo Hasegawa

光和2年。 世界は再編成された超合集国を中心にまとまり、平和な日々を謳歌していた。 しかし、平和は突如として終わりを告げる。仮面の男・ゼロとして、ナナリーの難民キャンプ慰問に同行したスザクが謎のナイトメアフレームに敗れ、 2人は連れ去られてしまった。 シュナイゼルの密命を受け、戦士の国・ジルクスタン王国に潜入したカレン、ロイド、咲世子はそこで、謎のギアスユーザーに襲われる。 そして、その場には襲撃者に“元嚮主様”と呼ばれる、C.C.が居た。 かつて神聖ブリタニア帝国の大軍すらも打ち破った無敵の王国を舞台に、人々が描く願いは、希望か絶望か。 果たして、ギアスのことを知るジルクスタン王宮の面々と、C.C.の思惑とは——。

2020年、岡山・倉敷市。無愛想な父と2人で暮らす女子高校生ココネは、昼寝が大好きで授業中に居眠りしては怒られていた。彼女は、眠るたびに異世界で姫となって冒険する夢を見るようになり、不思議に感じていた。そんなある時、突然父が逮捕され、東京へ連行されてしまう。父を信じるココネは、幼なじみの大学生モリオとともに東京へ向かうが、その中で自分の周囲で起きる一連の事件と、あの奇妙な夢との関連性に気付く。

2116年。日本政府は「シビュラシステム」と無人ロボット・ドローンの輸出を開始。実験的導入により、内戦状態だった東南アジア連合SEAUn（シーアン）の水上都市シャンバラフロートは一時の平穏を手に入れた。だが、同連合から日本へテロリストが送られる。シビュラシステムをかいくぐり、中枢へ攻撃を仕掛けようとするテロ一味。そこにはある男の影が落ちていた。刑事課一係の常守朱はシャンバラフロートの捜査へ旅立つ。

恋人と甘い一時を過ごす休暇中の草薙素子の元に、仲間となったバトーから爆弾テロの急報が届く。その現場を制圧すると主犯のカルディス人の胸にはテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれていた。 それと同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が死亡した。その所持品には“人魚の脚（MERMAID'S LEG）”と記された義体技師の名刺と義体の脚部が遺されていた。それを手懸りに死んだ刑事の後輩であるトグサが捜査を開始する。

５０１機関から独立を果たし軍内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を後押しした公安９課の荒巻からの誘いを断り、自身の部隊の結成を考えていた。そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキングが発生する。 荒巻の要請で調査のためにロジコマをラボまで移送する草薙だったが、突然、武装集団に襲撃に遭う。そこには「眠らない眼」を持つ元レンジャーのバトーとボーマ、元陸軍情報部のイシカワの姿があった。 彼らは難民虐殺の罪で犯罪者として法廷に立たされている混成７８部隊の元上官ソガ・カズヤ大佐の無実を証明するために特殊軍事モジュールで電子的作戦を進めていた。だがそれに干渉できる並列解除コードの複製がロジコマに隠されたことを掴みロジコマの破壊を狙う。 それを草薙に伝えたのは米軍情報部エージェントのヴィヴィーだった。草薙は、ヴィヴィーとともに陸軍警察のパズ、海兵隊のエーススナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出る。

東京では青少年保護条例が敷かれ、未成年の夜間外出やインターネットの利用が制限されていた。水面下で戦う若者たちのチーム、サーラットは、東京を支配する七原文人の背後にある秘密組織“塔”が実験で人間を使っているという情報をキャッチする。一方、サーラットのメンバーは、塔の目的を調べるために地下鉄を調査していたが、そこに異形のモノが出現。すると日本刀を手にした少女、小夜が現われる。

物語や文学を愛するあまり、本当に本を食べてしまう文学少女、遠子。そんな彼女の秘密を知ってしまった新入生・心葉は、文学部に無理やり入部させられ、遠子のためにおやつを書く日々を送ることになる。ある日、遠子のおやつのために設置した“恋愛相談ポスト”に1通の手紙が……。

わずかな手掛かりを頼りに、滝沢を探してニューヨークへと向かった咲。そして無事滝沢と再会を果たすも、彼は「飯沼朗」と名乗った。どうやら彼には、「王様申請」の結果、総理大臣飯沼誠次朗の私生児としての新たな経歴が与えられたらしく、滝沢を次期総理大臣として擁立すべくジュイスによってものすごい勢いで「滝沢朗」の情報が「飯沼朗」に書き換えられていく。彼は本当に総理大臣の私生児なのか。そして、セレソンゲームの勝者はいったい誰なのか。

人と魔物の大きな戦い「人魔戦争」が終結してから数年。先の皇帝が崩御したのち、帝国では空位状態が続いてはいたが、世界は概ね平和に見えた——。人々は根源たる力・エアルによって、繁栄を築き上げようとしていた。結晶化したエアルは魔核と呼ばれ、魔導器の動力源として暮らしに欠かせぬあらゆるものから、町を護る結界まで作り出していた。 そんな或る日、シゾンタニアの町に程近い、深い森のなか。帝国騎士団ナイレン隊に所属する新人騎士ユーリ・ローウェル、フレン・シーフォ、そしてふたりの先輩である双子姉妹騎士ヒスカとシャスティルは、エアル異常噴出の調査とそれに伴う魔物撃退の任務をこなしていた。騎士団にあこがれて、理想を胸に入団したユーリ・ローウェル。規律と正義を重んじるフレン・シーフォ。ふたりは帝都ザーフィアスの下町で育った幼なじみだったが、偶然入団式で数年ぶりの再会を果たしたのだった。 騎士団の隊長ナイレンは、異変を巡る調査を進めるにつれて、森の遺跡内に未知の魔導器が存在すると睨んだ。そして探索を進める最中、シゾンタニア一帯を巻き込む、大規模な異変が巻き起こる･･････。 騎士団員として行動を共にしながら、その主義の相違により反発しあうユーリとフレン。帝国の暗部を知ったふたりは、やがてそれぞれの「正義」を貫く覚悟を迫られることになる･･････。