Hiroko Kasuga

1,000年に1度のすい星来訪が、1か月後に迫る日本。山々に囲まれた田舎町に住む女子高生の三葉は、町長である父の選挙運動や、家系の神社の風習などに鬱屈（うっくつ）していた。それゆえに都会への憧れを強く持っていたが、ある日彼女は自分が都会に暮らしている少年になった夢を見る。夢では東京での生活を楽しみながらも、その不思議な感覚に困惑する三葉。一方、東京在住の男子高校生・瀧も自分が田舎町に生活する少女になった夢を見る。やがて、その奇妙な夢を通じて彼らは引き合うようになっていくが……。

2116年。日本政府は「シビュラシステム」と無人ロボット・ドローンの輸出を開始。実験的導入により、内戦状態だった東南アジア連合SEAUn（シーアン）の水上都市シャンバラフロートは一時の平穏を手に入れた。だが、同連合から日本へテロリストが送られる。シビュラシステムをかいくぐり、中枢へ攻撃を仕掛けようとするテロ一味。そこにはある男の影が落ちていた。刑事課一係の常守朱はシャンバラフロートの捜査へ旅立つ。

2027年、第四次非核大戦終戦から一年、戦禍の爪痕癒えぬニューポートシティで自走地雷を使った爆殺事件と、兵器売買における収賄容疑の掛った軍人が銃殺される事件があった。 雨烟る中、その軍人の電脳を求め墓地を暴く公安の荒巻大輔。 そしてその背中に冷たい銃口を向けたのは、殺された上官の容疑を晴らそうと動く陸軍義体化部隊『501機関』に所属する超ウィザード級ハッカーにして全身義体のサイボーグ、草薙素子だった。 だがこの事件を追いかけているのは草薙だけではなかった。 彼女を爆殺事件の犯人と疑い付け狙う『眠らない眼』を持つ男、バトー。 銃殺事件と娼婦殺人事件の共通項を捜査する新浜県警の刑事トグサ。 そして『501機関』のクルツ中佐とサイボーグエージェントたちが草薙の動向を注視していた。 彼らが追い求めるものは、目の前の「事実」と失われた「真実」とが交錯する電脳社会の混沌に身を潜める。自身の未来と掲げた理想のために草薙の本能が今、起動(アライズ)する。

かつて凄腕の陰陽師が蜘蛛の妖怪を1冊の本に封印してから、時は流れ現代の日本。その本を手にした古書店に、小さな少女の姿をした蜘蛛の妖怪が現れた。古書店の店長・硯とビルのオーナーの孫娘・瑞紀は、この妖怪を何とかすべく行動するが…？