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抜群の美貌とプロポーション、明晰な頭脳、そして巧みな話術や優れた身体能力で狙ったターゲットを手に入れてきた峰不二子。父親が横領した5億ドルの鍵を握る少年ジーンとともに逃走する不二子は、ジーンの父ランディの命を奪った殺し屋で、呪いの力によって人心を操るビンカムに追跡される。ランディが横領した大金を狙うルパン三世と次元大介の助けもあり、一度はビンカムの魔の手から不二子だったが.
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東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいたコナンたち。その頃、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話が架かる。阻止するには犯人が残した謎の暗号を解読するしかない。蘭が新一に助けを求めた電話で犯行予告を知ったコナンは、暗号解読に乗り出す。次のターゲットは? 犯人はなぜ、小五郎を狙うのか? やがて解読に成功したコナンは同時に“あること”を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった!
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裏社会の顔役・藤堂は、不二子と結託してルパンにとあるオークションに出品される宝石「人魚の鱗」を盗むように脅迫する。複数の事情の元、「人魚の鱗」が売り出されるオークション会場から見事に盗み出したルパンだったが、藤堂は秘書の美沙と共に、参加者の一人で宝石の出品者氷室の策により、彼の用心棒である殺し屋・影浦に殺されてしまった。盗み出した「人魚の鱗」が偽物だと知ったルパンは、姿を現した不二子から氷室の狙いが八百比丘尼の財宝であることを聞かされ、人魚の鱗と共に財宝の封印を解く第2の鍵「龍鱗石」を盗み出す。
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怪盗キッドとの対決に執念を燃やす大富豪・鈴木次郎吉が挑戦状を叩きつけた。世界最大の飛行船ベルツリー号に収めた宝石“天空の貴婦人”を盗んでみよというのだ。制限時間は東京から大阪到着までの6時間。小五郎と蘭、コナンらも飛行船に招待されて乗り込んだ。大空を舞台に名探偵と怪盗の頭脳戦が始まったその時、テロ組織“赤いシャムネコ”が船を襲う。果たしてハイジャックの目的は? キッドとコナンの対決の行方は!?
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わずかな手掛かりを頼りに、滝沢を探してニューヨークへと向かった咲。そして無事滝沢と再会を果たすも、彼は「飯沼朗」と名乗った。どうやら彼には、「王様申請」の結果、総理大臣飯沼誠次朗の私生児としての新たな経歴が与えられたらしく、滝沢を次期総理大臣として擁立すべくジュイスによってものすごい勢いで「滝沢朗」の情報が「飯沼朗」に書き換えられていく。彼は本当に総理大臣の私生児なのか。そして、セレソンゲームの勝者はいったい誰なのか。
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ピアニストを夢見る雨宮修平は転校初日に、“森にある壊れたピアノを弾いてくる”という肝試しを命じられてしまう。困り果てる修平を見かねた一ノ瀬海(上戸彩)は一緒に森へ出かけるが、実は、その森のピアノは海だけが弾くことができるのものだった。海と修平はピアノを弾く喜びを実感し、次第に友情を深めていく。