Katsutoshi Hirano

死者の脳をスキャンし、生前の記憶を映像化するMRIスキャナーが開発される。同システムを導入した第九こと科学警察研究所法医第九研究室が組織され、室長・薪剛の指揮のもとでさまざまな難事件が捜査されることに。第九に配属されたばかりの青木をはじめとする捜査官たちは、家族を殺害し死刑を執行された男の脳をスキャニング。事件発生時から行方不明になっている、彼の娘・絹子がナイフを手にした姿を捉えた映像を彼らは目にした。

海を漂流し流れ着いたところを、剣術の師匠である比古清十郎に助けられた緋村剣心。その後剣心は、山中で居を構え陶器作りに励む師匠に対し、飛天御剣流の奥義を教えてほしいと懇願する。一方、甲鉄艦・煉獄に搭載した大砲で一つの村を襲撃した志々雄真実は、政府に対して剣心を指名手配し捕らえて処刑するように求める。

かつて人斬り抜刀斎と呼ばれた伝説の人斬り、緋村剣心。刀を置き、平穏な生活を送る剣心は、ある日、剣心から影の人斬り役を引き継いだ志々雄真実が京都でその名をとどろかせていることを知る。政府が派遣した討伐隊は志々雄を前に成すすべがなく、最後の望みとして剣心に白羽の矢が立つ。志々雄の野心を阻止すべく剣心は京都へ向かう。

犯罪組織が若い女性を多数さらい監禁する倉庫内で、その組織を探る一人の少女が構成員に追及される。そこへ現れた彼女の執事は、十数名の敵を一人であっさりと殺害して彼女を救いだす。銃で撃たれても全く傷つかないこの男・セバスチャンの正体は悪魔で、彼の主人である幻蜂伯爵家の若き当主・清玄こと男装した少女の汐璃が幼い頃両親を目の前で殺害されたとき以来、死の際にその魂を食らうことと引き換えに契約を結び仕えている。映画の舞台となる2020年では、世界は西側と東側に別れ、西側を治める女王は東側某国の幻蜂家に命じて公にできないさまざまな事件を「処理」しており、彼らは当局に正体不明の「女王の番犬」として警戒されている。清玄は女王の命により、セバスチャンと共に大使館員が次々にミイラ化した遺体で発見されるという怪事件を追いつつ、いつか両親の敵を討つことを願っている。

明治11年。東京では、人斬り抜刀斎を名乗る男が誰かれ構わず斬りつける事件が発生していた。亡父から継承した神谷道場を切り盛りする神谷薫（武井咲）が無謀にも男に立ち向かおうとしているところを、通りすがりの男が助ける。その人こそ、幕末には反幕府軍の暗殺者として活躍した人斬り抜刀斎本人（佐藤健）だった。今は緋村剣心と名乗り、斬れない刀を携え流浪の旅をしながら、どんな悪人でも決して命を奪わない不殺（ころさず）の誓いに従いながら人助けをしている。偽者の人斬り抜刀斎の正体は、実業家の武田観柳（香川照之）に用心棒として雇われた鵜堂刃衛（吉川晃司）だった。世界支配を目論む観柳は女医の高荷恵（蒼井優）に阿片を作らせ、それを元手に得た莫大な金で武器を買い漁っていた。元・新選組で今は警官を務める斎藤一（江口洋介）が観柳の目論みに気付くものの、観柳が握る絶大な権力を前になかなか手出しができない。観柳は手始めに神谷道場一帯を手に入れるべく、市井の人々を殺そうとする。神谷道場に身を寄せる剣心は苦しむ人々を見て、打倒観柳を決意。250人もの護衛をつける観柳に、剣心は喧嘩屋の相楽左之助（青木崇高）とともに立ち向かっていく……。