Nobuyuki Obikane

江戸末期。宇宙からやって来た天人（あまんと）の台頭と廃刀令により、侍は衰退の一途をたどっていた。かつては攘夷志士として天人と最後まで戦い、“白夜叉”と恐れられた銀時もかぶき町の便利屋“万事屋銀ちゃん”をのんきに営む毎日。そんな彼のもとに、かつての同志だった桂が消息不明になり、高杉が挙兵して幕府の転覆をたくらんでいるという情報が。銀時は万事屋メンバーの新八や神楽とともに事態の調査に乗り出す。

大石率いるサムライたちは、吉良とミステリアスな女ミヅキのたくらみによって主君を殺され、自然が豊かな赤穂の領地を追われてしまう。さらなる謀略を企てる吉良の野望を阻止し、主君の敵を討つべく集まった47人の浪士たちは、はぐれ者の混血青年カイと手を組むことに。わずかな人数の彼らは、明らかに戦力差のある敵の軍勢の戦いに命を賭して身を投じる。

カナダで人目を避けるように暮らすウルヴァリンことローガンは、以前命を救ったことのある日本人実業家・矢志田からの願いで、彼の部下ユキオと共に日本へと向かう。不敵なまなざしを向ける矢志田の息子シンゲンに迎えられ、病身の矢志田と再会したローガンは彼から謎めいた言葉を告げられる。ほどなくして亡くなった矢志田の葬儀が執り行われるが、そこをギャングたちが襲撃。ローガンは矢志田の孫娘・マリコを連れ、その混乱から逃げ出す。

南北戦争時代のアメリカ。北軍の士官として参軍したネイサン・オールグレン大尉は南軍やインディアンと戦いの中、無関係のインディアン部族を攻撃し、子供たちを撃ち、良心の呵責に悩まされ酒浸りになる。日本の実業家の大村はバグリー大佐を介し軍隊の教授職として雇いに来ていた。当時の日本は明治維新で近代国家建設のために急速な近代的軍備増強が必要だった。多額の報酬に魅せられたオールグレンは、僚友ガントとともに日本に渡り、軍隊訓練を指揮する。