Tomoya Kawai

アラカン荒野で激突したバルドとボルキュスの両大隊は、ともに多大な犠牲を払い、一時の退却を余儀なくされる。 厳しさを増す状況の中、敵部隊の一部がライガットの故郷を襲撃するという報せが入った。 弟・レガッツを救うべく、制止を振り切って単身急行するライガットだったが、村は既に襲撃され、しかも行く手にはボルキュスが待ち構えていた。 アテネス軍最強ゴゥレム・ヒュケリオン対デルフィングの一騎打ちが始まった……。

親友ホズルの国を守るため、クリシュナ軍に正式に入隊したライガット。 同時にデルフィングの大改修が進められる。 リィを失ったワルキウレス部隊は復讐を誓い、ビノンテン第３次攻撃の準備を進めていく。 その動きを捉え、反攻に出るクリシュナ軍。 戦場で人の命を奪う覚悟を決められないまま、ゼスの駆るエルテーミスに突撃してゆくライガット。 一方アテネスでは?戦争の天才?と謳われたボルキュス将軍が動き始めていた…。

ゼス率いるワルキウレス部隊の襲撃に対し、クリシュナ軍は城内のゴゥレム部隊を集結させる。 この戦いがゼスの本意ではないと信じ、交渉のため単身出撃するライガット。 戦場で果たされる、旧友との４年ぶりの再会…。 だが、互いこそが兵を退くべきと譲らず、交渉は決裂。 アテネス・クリシュナ両軍を巻き込む戦闘へと発展してしまう。 辛うじて離脱したライガットはゼスの部下・リィと遭遇、一騎討ちを余儀なくされるのだが…。

魔力を持たない“能なし”ライガットは、士官学校時代の友人であるクリシュナ国王ホズルと王妃シギュンから隣国アテネス連邦による領内侵攻を知らされる。 その前線指揮官が、３人の親友・ゼスであることも。 王都で発掘された推定1000年前の古代巨兵（アンダー･ゴゥレム）にライガットが偶然乗り込んだとき、それは突如起動。圧倒的な力で石英を砕き、襲い来るアテネスのゴゥレム部隊と対峙することになるのだが…。

世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。