Benjamin Dunker

アメリカとソ連の冷戦のさなか、保険関連の敏腕弁護士ドノヴァンは、ソ連のスパイであるアベルの弁護を引き受ける。その後ドノヴァンの弁護により、アベルは死刑を免れ懲役刑となった。5年後、アメリカがソ連に送り込んだ偵察機が撃墜され、乗組員が捕獲される。ジェームズは、CIAから自分が弁護したアベルとアメリカ人乗組員のパワーズの交換という任務を任される。

前作から2年。CIAのパメラ・ランディは、ベルリンである事件の調査を行っていたが、何者かの襲撃を受け、調査チームの一人が死亡。時を同じくして、ボーンたちにも危険が迫る。人目を避けてインドのゴアで暮らしていたジェイソン・ボーンと恋人のマリーに刺客が迫り、マリーは殺されてしまう。ボーンはCIAが自分を始末しようとしていると推測してCIAを追い、CIAのパメラは現場に残されたボーンの指紋から襲撃犯はボーンだと考えボーンを追う。そしてベルリンとモスクワを舞台に、次第に「トレッドストーン計画」に隠された真実が明らかになっていく。