Michael Welden

The alien criminal from the first movie is dead, but he left a few eggs which are hatching now. The good alien, who still inhabits Tom Beck's body, has been waiting just in case this happened. Unfortunately, his presence in the body has taken a terrible toll on it, draining it of life energy. Additionally relations with Beck's daughter Juliet (now a cop) have deteriorated. But when the killing starts again, they will need to work together to stop the new generation of aliens.

退役を迎え、ハワイからアメリカ本土に最後の航海に出たアメリカ海軍戦艦「ミズーリ」。艦長のサプライズ誕生日パーティーと偽りヘリが着艦。しかしそのヘリには元CIAエージェント、ストラニクス率いるテロリスト一味が乗っていたのだ。副艦長・クリル中佐も仲間の一味で彼らを手引きしていた。クリル中佐は艦長を殺害、テロリストどもは他の乗員を船倉に監禁してしまう。彼らの目的は、艦に搭載されている核弾頭搭載トマホーク巡航ミサイルのブラックマーケットへの転売だった。 ただひとり難を逃れたのは、冷蔵庫に監禁されていたコック長のライバック兵曹のみ。しかし彼の正体は、元海軍特殊部隊「SEAL」の対テロ部隊の指揮官だった。彼は、ある作戦で部下が多数死傷し、当時の情報将校を殴打し降格処分になってしまった。それをアダムス艦長が不憫に思い、彼を自分の手元に置いてコック長という任務に就かせていたのである。 救出した同僚やケーキの中にいた女性ダンサーのジョーダン・テイトと共に、ライバックの反撃が始まる。

マルコ・ラミウス艦長が指揮する、ソ連の誇る最新原子力潜水艦レッド・オクトーバーが、アメリカ東海岸に接近した。アメリカ政府は、ラミウスの狙いはアメリカ攻撃だと判断する。だがCIA分析官だけは別の見解を示す。ラミウスは亡命しようとしていると言うのだ。だが自説を証明するためには、あと数時間の余裕しかない。なぜならソ連の海軍と空軍が総力をあげてレッド・オクトーバーを追っているから。かくして大西洋は海戦の場と化した…。