Tadahiro Yoshihira

未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は 巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。 再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや 人型戦闘兵器・衛人のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。 なんとか勝利をおさめたのだった。 あれから10年－。 シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。 つむぎも、今やシドニアの英雄となった長道に想いを寄せながら、 穏やかな日々を過ごしている。 だが、艦長・小林は分っていた。 ガウナがいる限り、この平穏は長く続かないことを。 そして、人類の存亡をかけ、最終決戦を決断する。 愛する人を守るため、シドニア最後の戦いがついに始まった。

ゴジラ・アース討伐に力を注いできたハルオ・サカキだったが、ゴジラを倒すために人を超えた存在になるべきと唱える異星人種族ビルサルドと、それに反対する人間たちとの対立が表面化してしまう。やがてハルオは、ビルサルドの中心的人物であるムルエル・ガルグを葬る。さらにハルオの幼なじみのユウコ・タニが、ビルサルドによる人体の強制ナノメタル化で脳死状態になってしまう。ゴジラ・アースを倒す手立てが消えたと人間たちに敗北感と虚無感が広がる中、高次元怪獣のギドラがまばゆい光を放ちながら降臨する。

ゴジラ・アース討伐に力を注いできたハルオ・サカキだったが、ゴジラを倒すために人を超えた存在になるべきと唱える異星人種族ビルサルドと、それに反対する人間たちとの対立が表面化してしまう。やがてハルオは、ビルサルドの中心的人物であるムルエル・ガルグを葬る。さらにハルオの幼なじみのユウコ・タニが、ビルサルドによる人体の強制ナノメタル化で脳死状態になってしまう。ゴジラ・アースを倒す手立てが消えたと人間たちに敗北感と虚無感が広がる中、高次元怪獣のギドラがまばゆい光を放ちながら降臨する。

ゴジラから地球を取り戻す戦いに挑むハルオと仲間たち。人類の生き残りフツアの民の助けを得て、かつて対ゴジラ兵器"メカゴジラ"を開発していた研究所へ向かう。

突如出現した怪獣たちと彼らを倒すパワーを持つゴジラを相手に戦ってきた人類だが、次第に力を失い地球を脱出しようとする。人工知能によって選別された者たちが恒星間移民船・アラトラム号でくじら座タウ星eにたどり着いたが、そこは人類が生存するには過酷な環境であることが判明する。アラトラム号に乗る青年ハルオは移住の道が閉ざされたのを機に、地球に帰還して両親を殺した敵でもあるゴジラを倒そうと決意。長距離亜空間航行で2万年の歳月が流れた地球に戻るが、地上の生態系の頂点にはゴジラが位置していた。