Kiyoshi Tateishi

2029年3月、総理大臣暗殺事件という戦後最大の事件が発生した。 被害者の中には草薙素子のかつての上司、501機関のクルツもいた。バトーやトグサたち寄せ集めメンバーと捜査を開始する草薙。 「お前たちは私のパーツだ。パフォーマンスを発揮出来ないヤツはパージする」と言い放つ草薙に、「俺たちはパーツか？」と反発するメンバー。 事件の背後にあったのは、戦後の義体開発の行く末を左右する技術的障害【デッドエンド】をめぐる政治的取引。 さらに「洗脳・ゴーストへの侵入・疑似記憶の形成」を一度に行う電脳ウィルス【ファイア・スターター】の存在も見え隠れする。 そして、事件を捜査する中で掴んだ手がかりは、草薙の秘められた生い立ちにも繋がっていたのだった……。暗躍する謎のサイボーグ。 総理大臣暗殺の真相。“第三世界”の存在。その先に待ち構える罠。たった１人で己の“戦場”に向かう草薙は、後に残すメンバーに最後の“命令”を告げる。 「自分のゴースト（魂）に従え」。残された６人が己のゴーストに従う時、はぐれ者の寄せ集め集団は最高のパフォーマンスを発揮するチームへと変化する。 “攻殻機動隊”誕生の瞬間に、世界は震撼する―。

2116年。日本政府は「シビュラシステム」と無人ロボット・ドローンの輸出を開始。実験的導入により、内戦状態だった東南アジア連合SEAUn（シーアン）の水上都市シャンバラフロートは一時の平穏を手に入れた。だが、同連合から日本へテロリストが送られる。シビュラシステムをかいくぐり、中枢へ攻撃を仕掛けようとするテロ一味。そこにはある男の影が落ちていた。刑事課一係の常守朱はシャンバラフロートの捜査へ旅立つ。

2116年。日本政府は「シビュラシステム」と無人ロボット・ドローンの輸出を開始。実験的導入により、内戦状態だった東南アジア連合SEAUn（シーアン）の水上都市シャンバラフロートは一時の平穏を手に入れた。だが、同連合から日本へテロリストが送られる。シビュラシステムをかいくぐり、中枢へ攻撃を仕掛けようとするテロ一味。そこにはある男の影が落ちていた。刑事課一係の常守朱はシャンバラフロートの捜査へ旅立つ。

本を読むことが好きで勉強には自信があるが内気な兄ジャックと、人間でも動物でもすぐに友達になれる元気いっぱいの妹アニーは大の仲良し。ある日、いつものように森に遊びに出掛けた2人は、森の中で木の上に乗った不思議な小屋を見つける。何とそれは、好きなときに好きな場所に時空を超えてタイムスリップできる魔法のツリーハウスだった。

ある日、父の形見の鉱石ラジオから聴こえてきた不思議な唄。その唄を忘れられない少女アスナは、地下世界アガルタから来たという少年シュンに出会う。2人は心を通わせるも、 少年は突然姿を消してしまう。「もう一度あの人に会いたい」そう願うアスナの前にシュンと瓜二つの少年シンと、妻との再会を切望しアガルタを探す教師モリサキが現れる。そこに開かれるアガルタへの扉。3人はそれぞれの想いを胸に、伝説の地へ旅に出る―。

人と魔物の大きな戦い「人魔戦争」が終結してから数年。先の皇帝が崩御したのち、帝国では空位状態が続いてはいたが、世界は概ね平和に見えた——。人々は根源たる力・エアルによって、繁栄を築き上げようとしていた。結晶化したエアルは魔核と呼ばれ、魔導器の動力源として暮らしに欠かせぬあらゆるものから、町を護る結界まで作り出していた。 そんな或る日、シゾンタニアの町に程近い、深い森のなか。帝国騎士団ナイレン隊に所属する新人騎士ユーリ・ローウェル、フレン・シーフォ、そしてふたりの先輩である双子姉妹騎士ヒスカとシャスティルは、エアル異常噴出の調査とそれに伴う魔物撃退の任務をこなしていた。騎士団にあこがれて、理想を胸に入団したユーリ・ローウェル。規律と正義を重んじるフレン・シーフォ。ふたりは帝都ザーフィアスの下町で育った幼なじみだったが、偶然入団式で数年ぶりの再会を果たしたのだった。 騎士団の隊長ナイレンは、異変を巡る調査を進めるにつれて、森の遺跡内に未知の魔導器が存在すると睨んだ。そして探索を進める最中、シゾンタニア一帯を巻き込む、大規模な異変が巻き起こる･･････。 騎士団員として行動を共にしながら、その主義の相違により反発しあうユーリとフレン。帝国の暗部を知ったふたりは、やがてそれぞれの「正義」を貫く覚悟を迫られることになる･･････。

1999年1月、魔術師見習いである黒桐鮮花は、師である蒼崎橙子にある事件の調査を命じられる。それは鮮花の母校である礼園女学院で、生徒の記憶が妖精に奪われているというものだった。妖精を視ることができる両儀式を連れて学院に戻った鮮花は、さっそく調査を開始する。

1998年10月、両儀式はふとしたことから臙条巴という自称人殺しの家出少年と知り合う。巴に助けを求められた式は、彼に自室を隠れ家として提供し、奇妙な共同生活を送り始める。しばらくの後、巴は自分の親殺しの罪を告白する。奇しくも蒼崎橙子から似たような事件の詳細を聞いていた式は、巴と共に臙条家のある小川マンションへ向かう。

1995年3月、黒桐幹也は街で一人の少女と出会った。透徹した不思議な眼差しを持った少女に、幹也は一目で心を奪われてしまう。翌4月、観上高等学園の入学式で幹也はその少女と再会する。少女は「両儀式」と名乗り、人を寄せ付けない性格であったが、幹也には少しずつ心を開いていく。ある日、幹也は式のもう一つの人格である「織」と面識を持つことになる。自分は殺人者だと言う織に戸惑う幹也。そんな中、観布子市内では連続猟奇殺人事件が発生し、街は重苦しい雰囲気に包まれていた。

恋と星空に憧れる天文部員こずえ。夏休み、ひとり天体観測の旅に出る。 「誰かに呼ばれている・・・」そんな不思議な気持ちと、光り輝く隕石のカケラが、こずえの旅を後押ししていた。答えは、きっと星が教えてくれる・・・旅先の天文館で、こずえは寂しい目をした少年と出会う。 こずえはその少年に惹かれていくが、彼の生まれ持った使命が、容赦なく二人を隔絶してしまう。 少年の閉ざされた心を開くため、こずえは走る。 満天の星空のもと、キセキの夜が始まる―。