北太平洋の西に連なる列島の最北端に位置する島には、深い山の中に“プ”族と呼ばれる人々が住んでいる“プの里”があった。一時は石炭と漁業で栄えていたこの村も今はさびれる一方で、島民の多くは仕事を求め島を去ってしまった。村の青年団長・ツバサは妻のヒロミとともに里の人々をまとめ、村を立て直すことを考えていた。そんな折、アカツカサンジとサケノウミの親子が“プ”民族村を中心としたテーマパーク“ワッショイ健康ランド”の建設構想を持ちかける。成功すればプの里に観光客を集め、プ族の歴史と誇りを取り戻せると考えたツバサは里の人々に協力を求めるが、アカツカは本当はプ族の土地を安く買い取ることを企んでいた。そんなプの里にある日、キショウレとパクチョンの親子が現れる。プ族の出身でツバサのいとこであるキショウレは、以前はプの里に住んでいたが、大変な乱暴者だったので、この島で500年以上生きている長老・ウジャキ婆さんの魔力によって地球の反対側に飛ばされてしまったのだ。二人は旅の途中、遥か彼方から風にのって聞こえて来たメッセージを耳にし、その中にプの里という言葉を聞いたパクチョンが、父の故郷に自分を連れて行くよう頼んだのだった。キショウレの帰還は里をパニック状態に陥らせたが、キショウレが流したデマによって彼は嫌われ者から一躍、時の人となってしまう。彼は昔、ウジャキ婆さんからプ族伝来の宝の在りかを聞いたというのだ。ツバサやアカツカを始め里の人々は皆、キショウレやウジャキ婆さんから宝の情報を聞き出そうと必死になった。一方、パクチョンは森の中で樹木の言葉を理解する不思議な少女リリコと出会う。リリコは実はウジャキ婆さんが変身した姿だった。リリコは森の言葉をパクチョンに伝える。それは自然とともに生きてきたプ族が、プ族らしく生きる術を教えるメッセージであった。パクチョンはそのメッセージを世界に散ったプ族に伝えるべく、メッセージを発信するための“古代機械”を作り始める。リリコはパクチョンにプ族の宝の在りかを教え、大きな切り株の下を掘り始めたパクチョンは不思議な形の壷を見つけた。中には植物の種子が入っており、白くふわふわした種子は風に乗って、遥か彼方へ飛んでいった。やがて、パクチョンの古代機械が完成し、パクチョンは世界各地のプ族の元へ向け、メッセージを発信し始めるのだった。
