Takeshi Kurokawa

山本五十六(豊川悦司)、山口多聞(浅野忠信)、南雲忠一(國村隼)率いる日本軍の艦隊が真珠湾を攻撃する。戦艦エンタープライズの艦長ハルゼー(デニス・クエイド)は、パイロットのディック(エド・スクライン)と彼の隊に日本軍艦隊の追跡を命じた。アメリカ軍のニミッツ最高司令官(ウディ・ハレルソン)とレイトン少佐(パトリック・ウィルソン)は、次の戦闘に備えるため日本軍の戦略を分析し、やがてミッドウェイで両軍が激突する。

1999年。科学者・芹沢博士はフィリピンで巨大生物の化石を発見。同じころ、日本の原発では原子炉が暴走し、科学者ジョー・ブロディは妻サンドラを失ってしまう。それから15年後の2014年。研究機関“モナーク”はフィリピンで見つかった何かの生物の繭を監視してきたが、繭からは新怪物“ムートー”が生まれ、ハワイのオハフ島に向かう。“ムートー”がハワイに到着すると別の巨大生物“ゴジラ”も出現して戦いを始める。