Kouichi Motomura

ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

偶然出会った、全くタイプの違う【朱里】と【由奈】、朱里の義理の弟の【理央】と由奈の幼馴染の【和臣】は、同じマンションに住み、同じ学校に通う高校１年生。夢見がちで恋愛に消極的な由奈は、理央に憧れるが、自分に自信がなく一歩踏み出せずにいる。理央はかつて朱里に想いを寄せていたが、親同士の再婚により、気持ちを告げられないまま、想いを胸のうちに抱えていた。また、恋愛に対して現実的な朱里は、率直でどこかつかみどころない和臣のことが気になり出し、割り切れない初めての感情に戸惑う。そして和臣は、ある“秘密”を目撃し、葛藤を抱えることになり…。それぞれの思いは複雑に絡み合い、相手を思えば思うほどすれ違って−。

学園都市製宇宙エレベーター「エンデミュオン」完成間近のある日、上条当麻とインデックスは無能力者の少女アリサと出会う。三人で遊んでいると魔術師を引き連れたステイルが来襲し、なぜか科学サイドの人間であるアリサに襲い掛かる。魔術サイドの襲撃に、学園都市はシャットアラウ率いる秩序維持部隊で応戦する。

抜け忍ムカデ追跡任務を受け、砂隠れの廃墟・楼蘭へと向かったナルト。追い詰められたムカデは、廃墟に眠る龍脈の力を解放し、ナルトは過去の世界へ飛ばされてしまう!突如襲来する謎の傀儡集団!!そのときナルトを救ったのは、若き日の四代目火影・波風ミナトだった。

1999年2月。両儀式は黒桐幹也の前から姿を消した。そして、それに合わせるように再発する連続猟奇殺人事件。3年前、自らを人殺しと称した式。信じ続けると誓った幹也。幹也は式の無実を証明するため、殺人事件の捜査を始める。そんな中、幹也はある麻薬事件をきっかけに、高校時代の先輩・白純里緒と再会する。

螺旋王を倒し、地上で平和な生活を満喫する人類。僅か7年もの間に急速な文化の発展と人口の拡大を続ける人間達は、暗い地下暮らしを忘れ傲慢になっていった。人民を統率する為に新政府を設立したシモンたちに、ロージェノムが遺した言葉が重く圧し掛かる。そして100万人目の出産が確認されたその時、人間達は自らをアンチスパイラルと名乗る謎の敵からの空襲を受ける。 カテドラル･テラを制御可能にして地球への激突を喰い止めたシモン達。シモンがニアに贈った指輪を頼りにアンチスパイラル母星の位置を掴んだ大グレン団は、カテドラル･テラを超銀河ダイグレンと改名、全ての戦いに決着を付けるべく敵母星へと向かう…。

1998年10月、両儀式はふとしたことから臙条巴という自称人殺しの家出少年と知り合う。巴に助けを求められた式は、彼に自室を隠れ家として提供し、奇妙な共同生活を送り始める。しばらくの後、巴は自分の親殺しの罪を告白する。奇しくも蒼崎橙子から似たような事件の詳細を聞いていた式は、巴と共に臙条家のある小川マンションへ向かう。

1998年8月、観布子市では少女による飛び降り自殺が多発していた。自殺した少女たちの関連性は不明で、場所はきまって巫条ビルという取り壊しの決まった高層ビルだった。両儀式はその巫条ビルの上空に浮遊する少女たちを目撃する。そんな中、式の友人である黒桐幹也が巫条ビルに近づいたのを機に昏睡状態に陥ってしまう。暦が9月に差し掛かろうとする頃、式は幹也を取り戻すため、夜の巫条ビルに赴く。

遺伝子操作によって植物を操ろうとした人類の愚かな“地球緑化計画”の失敗から300年。荒廃した地球は、意志を持った“森”によって支配されていた。森との共存を模索する“中立都市”で暮らす少年・アギトは、ある日、立ち入り禁止地域で少女・トゥーラと運命的な出会いを果たす。彼女は、300年間“ステイフィールド”と呼ばれる永久生命維持装置の中で眠りについていた過去の人間だった。