Ian Bickerton

滅びゆく地球から脱出し、人類移住計画を託された宇宙船コヴェナント号には、カップルで構成された乗組員が搭乗していた。やがて人類の新たな楽園となるであろう未知の惑星にたどり着いたコヴェナント号だったが、そこには想像を絶する脅威が存在していた。その恐怖を目の当たりにした乗組員たちは、命からがら星からの脱出を試みる。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。