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エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」大切な人たちと笑いあえる明日を作るために―。魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！
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海に生き、海を守り、海を往く―― それがブルーマーメイド! 海の安全を守る職業「ブルーマーメイド」に憧れ、横須賀女子海洋学校に入学した岬 明乃は航洋艦「晴風」の艦長に任命され、クラスのメンバーと共に海洋実習に参加する。 艦を動かし、目的地へと向かうだけの安全な航海のはずが、彼女たちを待ち受けていたのは、数々の危機。教員艦からの突然の発砲、 暴走する他学生艦との戦闘、救難船の救護活動など、数々の困難を辛くも乗り越え、無事に陸に帰還したことで、メンバー同士の間に固い絆が結ばれた。 その騒動から1ヶ月後、テスト休みを満喫する晴風メンバーに新たな危機ピンチが訪れる。 それは晴風クラスが解体されるというもの。晴風メンバーは、動揺しながらも再び一丸となり、クラスの解体を阻止したことで、絆をより深めていくのだった。 そして、晴風クラス解体危機から3ヶ月── 横須賀では、呉・舞鶴・佐世保を含めた全女子海洋学校の生徒が一堂に会し文化祭と体育祭を行う「競闘遊戯会」が開催され、 明乃たち晴風クラスのメンバーも歓迎祭の準備に追われていた。 大和・信濃・紀伊など超大型艦のクラスも集い、 様々な演し物や競技で賑わう中、彼女たちに 新たな危機が迫っていた……!
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かつて曇天火に金城白子と名付けられた男・壱助（いすけ）。彼は双子の弟・壱雨（いさめ）とともに、2人でひとりの十代目風魔小太郎として一族を束ねてきた。幼いころ、一族のおきてで双子は忌み子とされ、片方は殺される運命にあった。だが、2人の両親は同族を殺してまでも壱雨の存在を隠し、2人を育てる。やがて壱助は同世代でも秀でた存在となっていくが、外を見ることすら許されない壱雨は、兄への複雑な想いを抱える。
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カロス地方には生命を操るといわれる伝説のポケモンが2体存在していた。1体は生命を与える力を持ったポケモンで「ゼルネアス」と呼ばれた。一方でもう1体はあらゆる生命を奪う力を持ち、「イベルタル」と呼ばれていた。遙か昔、イベルタルはカロス地方の「オルアースの森」で自然やポケモンから生命を奪い、全てを石に変えた末に繭となって眠りについた。その後に現れたゼルネアスは自ら生命を与え、被害を抑える事に成功した。この一連の事件は後に「大破壊」と呼ばれる様になる。 そして時が流れ、舞台はメレシー達が平和に暮らす地底王国「ダイヤモンド鉱国」に移る。幻のポケモン「ディアンシー」が姫として治めている鉱国には巨大ダイヤモンド型のエネルギー源「聖なるダイヤ」が置かれており、鉱国はその鉱石によって形を保ち続けていた。
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天空闘技場で開催されるフロアマスターによる戦い「バトルオリンピア」。その大会にズシが参加することでウィングに招待されたゴンとキルアは、ゲスト来場していたネテロ会長と再会を果たす。しかし大会開催直前、謎の秘密組織「影（かげ）」に天空闘技場を占拠され、不意をつかれたネテロ会長は「怨」によって念を封じられてしまう。 会長の救出に向かうゴンとキルアだが、「影」のメンバーや彼らによって怨能力を与えられたフロアマスターたちが立ち塞がる。果たしてゴンたちは「影」を打ち破り、ネテロ会長を救出できるのか。そして、「影」を率いる隊長・ジェドとネテロ会長との因縁とは…。
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イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。
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サトシ一行は次の街ローシャンを目指す途中、列車の上で傷ついたポケモンを見つける。 そのポケモンの名はケルディオ。しかし、サトシ達が助けようとした時、突然叫ぶ。 「キュレムが来る！」 ケルディオは〝聖剣士〟と呼ばれる3匹のポケモンの後継者で、共に修行の旅を続けていたのだが、 まだ未熟なのにもかかわらず、自らを聖剣士と偽って地上最強のドラゴンポケモン・キュレムに挑んだのだという。 その結果あまりの強さに圧倒され、角を折られてしまった。 助けに来た聖剣士たちも氷漬けにされ、ケルディオは逃走。そのためにキュレムに追われていたのであった。
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旅を続けるサトシ一行は、自然に囲まれた町・ミチーナに到着する。タッグバトルをしたトレーナーの案内で、遺跡に向かったサトシたちは、そこで時を司る神・ディアルガを呼び出す女性・シーナに出会う。 シーナからアルセウスについての言い伝えを聞いてた時、遂にアルセウスが長い眠りから覚め、人間を滅ぼそうと復讐のために現れる。
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キノとエルメスが訪れた国は、科学が発達した高い文明をもつ国だった。安定した環境の下、巨大なドームの中で暮らす国民達。一方、その国には、選ばれたエリートたちだけが暮らすことができる“開拓地”が存在していた。そこは、ドームの外で、実際の日光や土に触れることができるため、ドームに暮らす人々の憧れの地でもあった。キノとエルメスは、厳重な消毒を受け、ドームへと入る。そしてそこで一人の少女イナーシャと出会い……。
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The Armor of Mars -- a suit of armor consisting of six pieces. If anyone from the bloodline of the ancient warrior Godimus were to find all six pieces for himself, he would receive power equal to the level of a god. The Curse of Godimus, however, also dictates that this same person would lose all sense of himself and become an insane killing machine.
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The first theatrical release, titled Bonobono, opened in theaters on 1993-11-13. The film has since been broadcast on domestic television in Japan, including on broadcast satellite channels such as NHK BS-2. The film has been released on VHS and DVD in Japan, including in a "no cut" edition.
