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ネオ・ヴェネツィアの街が、落ち葉の絨毯で彩られる秋。 オレンジぷらねっとで修業の日々を送るアーニャには、気がかりなことがありました。 お互いに多忙なこともあり、長い間会えていない先輩のアリスとアテナ。 そのせいで元気がないアテナに対し、アリスはなぜか会うのを避けている様子なのです。 友達のアイとあずさにも協力してもらい、先輩たちが絶対に会える方法を探す中、 アーニャは今の自分だからこそ見える“景色”があることに気づかされるのでした……。
Key Animation
1960年代の東京・さくら元町。少年下町シンは新聞配達のアルバイトをしながら、唯一の肉親である病気の母を懸命に支えていた。しかし謎の妖怪が母に取り憑き、母は突然操られたように家を飛び出した末、車に轢かれて命を落としてしまう。自暴自棄に至ったシンは母の後を追おうと川に飛び込もうとした時、高城イツキに引き止められ「死んだって母さんには会えない」「最後まで投げるな」と諭す。イツキの姉も同じようにビルから飛び降り命を落とし、それは魂を奪う妖怪・玉藻前(タマモ)の仕業であるという真相に至った。
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マナは、祖母の五十鈴と母のあゆみが着たというウェディングドレスをあゆみから貰う。「このドレスを着るのはいつだろう」とマナが思っていた時に、謎の男マシューが現れ、過去の世界へ飛ばされてしまう。過去の世界で亡くなった祖母の五十鈴やかつて飼っていた愛犬のマロと再会するが、六花やありすがおらず、思い出が書き換わったと知る。このままでは過去も未来も変わってしまうと、それを守るため行動を起こす。
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父であるメフィストが善の心を取り戻し、アコはキュアミューズの役目も終わったとして父と共にメイジャーランドへ帰ることになった。その時、突然街にハウリング音が鳴り響き、街から音楽が消えてしまう事件が発生する。メイジャーランドに連絡を取ろうとするも、何故か反応が無い。
心配に思った響達はメイジャーランドに向かうが、いつも音楽で満ち溢れていたかつての面影は無く、音楽が消え世界は荒れ果て、人々は石のように無表情となり、音の鳴らない楽器を弾き続けたままだった。唯一動いていたアコの友達のスズは、このようになったのはアフロディテが突如変貌し、音楽を奪ってしまったからだと言う。真相を確かめるべく、アコとメフィストはアフロディテのいる城へ向かうが…。
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スズメバチに襲撃され母や仲間達と生き別れ一人旅をしていたみつばち王国の王子、ハッチ。たどり着いた人間の住むセピアタウンでクネクネやニョロリなどのたくさんの仲間に出会い友達になっていった。そしていつも一人ぼっちでハーモニカを吹いていた人間の少女、アミィと出会う。偶然から虫と喋る事ができるようになったアミィは、ハッチと友達になり約束を交わすのだが、やがてハッチはスズメバチがセピアタウンに移動していることスズメバチにハッチのママが捕らわれていることを知るのであった。
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小五郎に連れられ、太平洋の孤島・神海島(こうみじま)を訪れたコナンたち。そこでは海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、18世紀に実在した女海賊アン・ボニーとメアリ・リードの財宝伝説が語り継がれていた。そんな中、ダイビング中の蘭と園子は、宝を狙うトレジャーハンターチームのひとりがサメに襲われ死亡する現場を目撃する。不審なものを感じたコナンは捜査を進め、やがて謎の言葉“ジョリー・ロジャー”が浮かび上がる。