Nelson Sousa

スーパーマンが、メトロポリスでゾッド将軍と死闘を繰り広げてから2年。当時、現場に居合わせたブルース・ウェインは人知を超えた戦いで出た被害により友人や部下を失い、ゴッサム・シティでバットマンとして悪と戦う彼にとって看過できない事件だった。スーパーマンは世界各地で人々を救い続けていた。新聞記者クラーク・ケントとして過ごす日常では、同僚ロイス・レインとの仲もさらに深まっていた。大企業レックス・コーポレーション社長レックス・ルーサーは異星人とそのテクノロジーに強い興味を抱き２年前に墜落した宇宙船や異星人の遺体を独自に研究していた。

南極で研究を続ける古代気象学者ジャック・ホール教授は調査データから地球規模の自然危機を予感する。そして、その4か月後、東京などで異常気象が発生し彼の嫌な予感は現実味を帯びてくる。