Aki Yamauchi

心優しい秀才のユウとバスケ部のエースのハル、そしてハルの恋人コトナ。3人は同じ高校に通う親友同士だった。ある日、ユウとハルは現実世界と隣り合わせの魔法の国“二ノ国”に迷い込む。そこで2人は、コトナにそっくりなアーシャ姫と出会い、やがて二ノ国には現実世界＝一ノ国と命がつながった“もうひとりの自分”がいることを知る。そんな中、アーシャ姫に死の呪いが掛けられ、同時にコトナにも重い病気が発覚する。

1960年代の東京・さくら元町。少年下町シンは新聞配達のアルバイトをしながら、唯一の肉親である病気の母を懸命に支えていた。しかし謎の妖怪が母に取り憑き、母は突然操られたように家を飛び出した末、車に轢かれて命を落としてしまう。自暴自棄に至ったシンは母の後を追おうと川に飛び込もうとした時、高城イツキに引き止められ「死んだって母さんには会えない」「最後まで投げるな」と諭す。イツキの姉も同じようにビルから飛び降り命を落とし、それは魂を奪う妖怪・玉藻前（タマモ）の仕業であるという真相に至った。

2116年。日本政府は「シビュラシステム」と無人ロボット・ドローンの輸出を開始。実験的導入により、内戦状態だった東南アジア連合SEAUn（シーアン）の水上都市シャンバラフロートは一時の平穏を手に入れた。だが、同連合から日本へテロリストが送られる。シビュラシステムをかいくぐり、中枢へ攻撃を仕掛けようとするテロ一味。そこにはある男の影が落ちていた。刑事課一係の常守朱はシャンバラフロートの捜査へ旅立つ。

５０１機関から独立を果たし軍内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を後押しした公安９課の荒巻からの誘いを断り、自身の部隊の結成を考えていた。そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキングが発生する。 荒巻の要請で調査のためにロジコマをラボまで移送する草薙だったが、突然、武装集団に襲撃に遭う。そこには「眠らない眼」を持つ元レンジャーのバトーとボーマ、元陸軍情報部のイシカワの姿があった。 彼らは難民虐殺の罪で犯罪者として法廷に立たされている混成７８部隊の元上官ソガ・カズヤ大佐の無実を証明するために特殊軍事モジュールで電子的作戦を進めていた。だがそれに干渉できる並列解除コードの複製がロジコマに隠されたことを掴みロジコマの破壊を狙う。 それを草薙に伝えたのは米軍情報部エージェントのヴィヴィーだった。草薙は、ヴィヴィーとともに陸軍警察のパズ、海兵隊のエーススナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出る。