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4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG(ワールド・スポーツ・ゲームス)の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。
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地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。 だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物…… 銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚(うつろ)だった――。 最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。 虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する! 巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。 ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…!銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…! 星の生命力“アルタナ”のエネルギーで生まれた魔人、虚(うつろ)。 長い年月をかけて生まれ変わりを繰り返してきた不老不死の化け物、 その中でつかの間に現れた人格が、かつて松下村塾を開き、幼い銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽だった…。
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オロチの危機が去った後、曇家3兄弟の長男・天火は大津を旅立った。次男・空丸は兄から託された責任の重さを実感しながら、末弟・宙太郎ら周囲の人々の助けを借り、曇家の新たな当主としての日々を過ごしていた。そんなある日、空丸たちを何者かが襲撃する。身のこなしや笑みを浮かべた顔が、どこか天火を思わせる謎の男。その体には、なんとオロチのウロコが。男を追う中で、やがて空丸たちは恐るべき陰謀の存在を知る。