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白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「I・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「I・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵(ヴィラン)にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう!いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―!その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。
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徳川幕府の終わりが宣言され、徳川慶喜が大阪へと下ったことで、新選組も戦いに備えて伏見奉行所へ屯所を移すことになる。そして慶応3年、新選組隊士の市村鉄之助は、かねて親しくしていた少女・沙夜への思いを抱きながらも、副長・土方歳三の小姓として、隊医で親友の山崎烝、兄の辰之助らと新選組として運命を共にしようとするだが……。
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メイクーモンの暴走や、起きてしまったリブートに対して苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへ向かう。そこで再会したパートナーデジモンたちは過去の記憶を失っていたが、太一たち「選ばれし子どもたち」は、再び絆を築こうとデジモンたちと接していく。そんなある時、突然姿を現したメイクーモンが芽心を探していることを知った太一たちは、メイクーモンを救うためデジタルワールドを旅する決意を固めるが……
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舞台は人々の欲望が渦巻く街――東京。 悪い大人たちを改心させているという「心の怪盗団」の存在が人々の間で噂されるなか、世間では物騒な事件が立て続けに発生していた。 そんなある日、「怪盗お願いチャンネル」に届いた1通の依頼をきっかけに、異世界の舞台に4人の高校生と1匹の黒猫が動き出す――。 原作ゲームともリンクする、完全オリジナルストーリー。