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エウレカが作り上げたスカブコーラル(珊瑚状の情報生命体)の中の仮想世界。 その崩壊とともに、仮想世界の人々がこの地球に姿を現して10年が経過した。この“大融合”の結果、仮想世界の人類は「グリーンアース」を、旧来の地球人類は「ブルーアース」を名乗り、水面下でさまざまな衝突を繰り返すことになった。そしてグリーンアース軍の高官デューイ・ノヴァクは、自分たちの尊厳を守るため、仲間とともに決起し、大規模なテロ計画をついに実行へと移す。 混乱の元凶として世界中から憎まれるエウレカは、国連の独立師団無任所部隊A.C.I.D.(アシッド)の上級戦闘員となっていた。この世界を平和に保つために生きる。それがエウレカの選んだ贖罪の道だった。そんなエウレカに、スカブコーラルを操る能力を持つ新たな“EUREKA”、少女アイリスを保護する命令が下る。最初は対立するばかりだった2人は、孤独な逃避行を通じて、次第に互いのことを理解していく。そして世界が危機に直面した時、エウレカは極限まで自らの力を振り絞って戦う。「アイリスとこの世界を守りたい」。エウレカの願いの果てに待つ未来とは――
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ヨコハマの裏社会に血嵐吹き荒れた「龍頭抗争」から6年後──。不可解な「霧」のなか、異能力者が自らの力を用いて命を断つという事件が世界各国で発生し、500人を越える死者を生んでいた。 内務省異能特務課は、これを「異能力者連続自殺事件」と命名。武装探偵社に、関与が疑われる謎深き異能力者・澁澤龍彦の確保を依頼する。しかし、時を同じくして太宰が消息を絶つ 。 さらに、事件の背後には魔人・フョードルの影がゆらめき・・・。 異能力者たちに次々と襲い掛かる、かつてない強敵。街が大いなる悪夢に飲みこまれんとするなか、敦は鏡花と共に澁澤の居城へ走る。だが、そこに現れた芥川から思いもよらぬ真実を告げられ・・・。
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平凡な小学5年生の少年、ケータは不思議な腕時計・妖怪ウォッチを手に入れたことから、周りで騒動を起こす妖怪が目に見えるように。そんなある日、睡眠中のケータの腕から妖怪ウォッチが消えてしまう。その後、妖怪フユニャンと運命的な出会いを果たしたケータは、妖怪ウォッチを奪取するため、時を超えて60年前に向かう。しかし、そこには予想だにしない力を持つ敵が待っていた。
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サトシ一行は次の街ローシャンを目指す途中、列車の上で傷ついたポケモンを見つける。 そのポケモンの名はケルディオ。しかし、サトシ達が助けようとした時、突然叫ぶ。 「キュレムが来る!」 ケルディオは〝聖剣士〟と呼ばれる3匹のポケモンの後継者で、共に修行の旅を続けていたのだが、 まだ未熟なのにもかかわらず、自らを聖剣士と偽って地上最強のドラゴンポケモン・キュレムに挑んだのだという。 その結果あまりの強さに圧倒され、角を折られてしまった。 助けに来た聖剣士たちも氷漬けにされ、ケルディオは逃走。そのためにキュレムに追われていたのであった。
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対テロ戦争による破壊の傷が、生々しく残る東京。そこに帰国した一人の青年。後に新十郎と呼ばれることになるこの青年の側には、謎めいた少年・因果がいた。行くあてもない新十郎に、東京検察庁の虎山泉が接触してくる。「きみ、大野妙心を知ってるよね?」大野妙心とは、新興宗教『別天王会』の会師。彼は、現御神(あきつみかみ)を称する少女・別天王をまつりあげ、ヤミヨセという秘密儀式を行っていた。だが儀式の最中、信者が次々に獣に襲われて死ぬという事件が発生。獣そのものの実在を証明できず、警察は殺人事件として立件できないでいた。過去と現在が交錯し、真実を求める新十郎の前に、神をも超える力を持つという別天王が立ちふさがる。それは新十郎と因果の出会いから始まる、敗戦探偵最初の事件―。